马铃薯多酚氧化酶基因家族生物信息学及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王丽

作者： 王丽;王万兴;索海翠;胡新喜;秦玉芝;李小波;熊兴耀

作者机构：

关键词： 马铃薯;PPO基因家族;生物信息学;基因表达

期刊名称： 湖南农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1007-1032

年卷期： 2019 年 06 期

页码： 601-610

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过搜索马铃薯全基因组,获得马铃薯多酚氧化酶(PPO)基因家族序列,并对其进行生物信息学及表达分析。结果显示:共获得12个马铃薯PPO基因,即StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3、…、StuPPO12;除StuPPO9位于2号染色体外,其余11个基因串联于8号染色体的276kb范围内;对具有3个典型结构域(Tyrosinase、PPO1_DWL、PPO1_KFDV)的基因蛋白序列进行进一步分析,结果显示StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3、StuPPO4、StuPPO6蛋白序列相似性大于80%,且大部分StuPPO蛋白位于叶绿体;启动子顺式作用元件分析显示,StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3、StuPPO6、StuPPO8、StuPPO9具有MeJA响应元件,StuPPO1、StuPPO3、StuPPO4、StuPPO6、StuPPO7、StuPPO8、StuPPO9具有ABA响应元件,StuPPO2、StuPPO4、StuPPO8、StuPPO9具有IAA响应元件;少数PPO基因具有对SA、GA及低温等胁迫响应相关元件;基因表达分析结果表明,不同的PPO基因其表达模式有较大的差异,StuPPO1、StuPPO2、StuPPO3在马铃薯块茎、根、匍匐茎、茎、叶柄、顶部幼叶、中部叶片、底部老叶组织中均有表达,StuPPO4仅在块茎、根、匍匐茎、茎中表达,而StuPPO6、StuPPO7、StuPPO8、StuPPO9在8个部位都没有检测到表达。此外,同一基因在不同组织中的表达也有着较大的差异。

分类号： S532

  • 相关文献

[1]葡萄谱系特有基因生物信息学识别、基因结构与表达特性分析. 梁英海,陈飞,王刚,王敏,冯冠乔,程宗明. 2013

[2]菠萝R2R3-MYB基因家族鉴定与表达分析. 陈哲,胡福初,阮城城,范鸿雁,郭利军,张治礼. 2019

[3]苹果WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族基因的鉴定与分析. . 2019

[4]白菜型冬油菜锌指蛋白基因BrZFP1的克隆和功能分析. 徐佳,赵玉红,侯献飞,陶肖蕾,孙柏林,曾瑞,朱明川,孙万仓,武军艳,刘丽君,李学才,马骊. 2022

[5]高温胁迫下不同玉米花粉组蛋白Zm-H3基因的克隆及表达分析. 徐劲松,杨海鹏,张红梅,刘小红,郝耀山,孙毅. 2021

[6]小麦逆境胁迫相关基因TaCBL7的克隆、生物信息学及表达特性分析. 龙翔宇,蒲至恩,郑科,刘泽厚. 2013

[7]无芒隐子草CsPEAMT基因克隆及表达特性分析. 段珍,张吉宇,狄红艳,霍雅馨. 2014

[8]板栗STP家族基因鉴定与分析. 程运河,程丽莉,曹庆昌,兰彦平. 2020

[9]百脉根TALE转录因子家族的鉴定与生物信息学分析. 丘日光,张天缘,杨仕梅,宋莉,赵德刚. 2019

[10]藜麦WOX转录因子家族的鉴定及表达分析. 朱满喜,杨雅舒,杨小兰,张芳,杨利艳,王创云. 2020

[11]小麦胁迫相关基因TaSF3B2的克隆及表达特性分析. 黄鑫,夏百成,龙翔宇. 2016

[12]水稻磷脂酶PLD家族生物信息学分析. 康伟伟,张超,易自力,陈智勇,谭炎宁. 2019

[13]恶性高温综合征患猪基因表达变化及生物信息学分析. 方晓敏,涂枫,任守文,王学敏,李碧侠,付言峰,赵为民,赵芳. 2014

[14]天祝白牦牛DLX-3基因克隆及生物信息学与差异表达分析. 郭雪峰,常永芳,包鹏甲,张永峰,李忠邦,阎萍,潘和平. 2020

[15]辣椒WOX转录因子家族的鉴定、进化与表达分析. 张烨达,王星,王丽萍,佟静,武占会,高彦魁. 2023

[16]甘薯黑斑病菌Cel61A基因克隆与表达分析. 罗勤川,孙厚俊,唐伟,谢逸萍,杨冬静,马居奎,陈晶伟,高方园,张成玲. 2023

[17]辣椒CaNRAMP基因家族的鉴定与表达分析. 刘峰,王运生. 2019

[18]小麦胁迫相关基因TaLEA2的克隆、生物信息学及表达特性分析. 龙翔宇,蒲至恩,杨丽娟,郑科,刘泽厚. 2014

[19]油棕EgGRF转录因子家族的全基因组鉴定与表达分析. 金龙飞,尹欣幸,曹红星. 2021

[20]镉和苄嘧磺隆复合污染胁迫对水稻的基因应答机理的基因芯片分析. 路超,姜慧敏,张建峰,葛才林,王泽港. 2013

作者其他论文 更多>>

微信小程序