基于两种对虾参考基因组的中国明对虾性别分化区域初步探查

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王琼

作者： 王琼;李健;何玉英

作者机构：

关键词： 中国明对虾;性别分化;基因组;重测序;转录组

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2023 年 47 卷 003 期

页码： 112-120

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 中国明对虾是我国最重要的养殖虾类之一.性成熟后的中国明对虾在生长和体色上表现出性别二态性.为了探查基因组上潜在的性别分化相关区域,对中国明对虾进行了全基因组重测序研究.分别使用中国明对虾基因组和其近缘物种凡纳滨对虾的基因组作为参考基因组,计算了雌雄中国明对虾之间的遗传分化指数Fst,以筛查基因组上的性别分化相关区域.当使用中国明对虾参考基因组时,有约89%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到中国明对虾参考基因,覆盖度大约为84%.基因组上Fst出现较多杂乱的峰,其中LG5的Fst值整体呈升高的趋势,另外LG13、LG17及LG35均有Fst指数相对较高的区域.而当使用凡纳滨对虾参考基因组时,有约60%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到凡纳滨对虾参考基因,覆盖度约为52%.Scaffold 2550和Scaffold 3683上分别有2个最显著的峰.将雌雄中国明对虾转录组测序数据与凡纳滨对虾的参考基因组比对后,获得了中国明对虾的粗略表达谱,挖掘出了丰富的差异表达基因.分析了前述2个Scaffold上的基因表达情况.在Scaffold 2550上,有2个肌肉中的差异表达基因,有3个性腺中的差异表达基因;在Scaffold 3683上,有4个性腺中的差异表达基因,全部都是雄性高表达,且都位于Fst峰值区域,其中2个基因编码外周型苯二氮卓受体相关蛋白1(peripheral-type benzodiazepine receptor-associated protein 1),参与类固醇激素生物合成,推测这两个雄性高表达基因参与了雄虾的性别特异性生理机制,与雄性生殖功能相关,在性别分化过程中发挥一定作用.本研究初步筛选到了与中国明对虾性别分化相关的区域和基因,为中国明对虾性别二态性的进一步研究提供了依据.

分类号： Q344%S968.22

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