UFD2结构域在棉花和其他24种植物中的进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 舒娜

作者： 舒娜;舒娜;崔瑞峰;韩明格;王帅;王德龙;樊伟丽;王俊娟;郭晓宁;郭丽雪;叶武威

作者机构：

关键词： UFD2结构域;UFD2;RKP;进化;棉花

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2017 年 15 卷 10 期

页码： 4086-4100

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： UFD2(ubiquitin fusion degradation-2)结构域是UFD2蛋白序列上一段高度保守的序列,该结构域在植物的UFD2和RKP2类泛素连接酶中都存在,UFD2结构域在植物中普遍存在,但是关于该结构域在植物中的研究还比较少。为研究含UFD2结构域的蛋白及基因在棉花和其它一些植物中的进化,以及4种棉花内的进化,本研究在已完成测序的4种棉花和其他24种植物的基因组数据库中,以酵母的UFD2(Gen Bank:Z74238.1)基因序列以及拟南芥中鉴定At UFD2(At5g15400)为参考序列通过同源比对的方法获得所有含有UFD2结构域的蛋白序列、CDS序列和基因全序列,然后用Bio Edit、Clustal X18.3、MEGA6.0、GSDS2.0等生物信息学工具对其进行序列特征、多序列比对、系统进化、基因结构等分析,从棉花和其他24种植物中共鉴定出63个基因,系统进化分析显示可分为两大类,且与植物中UFD2和RKP两类对应上,所有植物都含有UFD2类蛋白,但含有UFD2结构域的RKP类蛋白只有部分植物有。UFD2类蛋白的UFD2结构域的序列长度约是RKP类蛋白中UFD2结构域的2倍,UFD2结构域对应在基因上区域UFD2类基因有13个内含子,而RKP类只有4或5个,棉花中的6个RPK类蛋白的UFD2结构域序列完全一致,而7个UFD2类蛋白的UFD2结构域有4个差异位置共7个氨基酸位点,结果表明:两类含有UFD2结构域的蛋白在进化上独立,同一类蛋白的进化和物种进化基本一致,棉花中的RKP棉花基因保守度高于UFD2类基因的。

分类号： Q943.2

  • 相关文献

[1]棉花基因组重复序列研究进展. 别墅,王坤波,孔繁玲,周有耀,邹美娟,王春英. 2003

[2]猪流感的再认识. 仇华吉,童光志. 2000

[3]禾本科小麦族三个物种的核型及进化关系分析. 林小虎,李兴锋,王黎明,赵逢涛,王洪刚. 2005

[4]外生菌根菌植多样性及其进化. 桂阳,刘作易. 2006

[5]6个紫花苜蓿材料的核型及其亲缘关系分析. 张雪婷,杨文雄,杨芳萍,师尚礼,尹国丽. 2011

[6]芝麻染色体核型及似近系数分析. 张海洋,苗红梅,李春,魏利斌,马琴. 2012

[7]近百年来全球气候变暖的倾向和甲型流感病毒神经氨酸酶进化的倾向(英文). 左文朴,朱绮霞,黄艳燕,潘丽霞,吴光. 2010

[8]古菌、细菌和真核生物纤维素酶的整体进化关系（英文）. 吴光. 2016

[9]用微分方程组的解析解拟合甲型流感病毒聚合酶酸性蛋白家族的进化过程(英文). 吴光. 2010

[10]中国沙棘雌雄株的染色体核型分析. 王彬,朱春云,王志涛,辛永清. 2010

[11]中国沙棘染色体核型及进化研究. 王彬. 2011

[12]SOS应答系统及其对细菌耐药性和毒力的调控作用与在治疗细菌感染中的应用. 王进文,白华,颜世敢,胡明,刘玉庆. 2014

[13]基于Agent的植物生长系统体系结构. 李晓明,赵春江,郑萍. 2010

[14]家蚕杆状病毒半胱氨酸蛋白酶基因的序列分析及表达. 林旭瑷,张志芳,李卫国,何家禄,尚金燕. 2002

[15]大豆种质资源遗传多样性研究进展. 何真,韵晓东,武凯,姬虎太,常建忠,乔麟轶,郑军. 2015

[16]畜禽动物中长链非编码RNA的研究现状. 戴梦红,陆启荣,程古月,李丽,刘孟轲,郝海红,王旭,袁宗辉. 2016

[17]植物钙依赖性蛋白激酶的进化和功能研究进展. 耿帅锋,赵永亮,李爱丽,毛龙,王卫国,李磊. 2010

[18]真正柑橘果树类植物基于AFLP分子标记的分类与进化研究. 谢让金,周志钦,邓烈. 2008

[19]大豆和百脉根古老原核基因的全基因组鉴定与比较分析. 韦兴燚,李昱,刘文献,金小煜,闵学阳,张正社,Ndayambaza Boniface,王彦荣. 2018

[20]胡萝卜DcBMT基因的克隆及其在根发育过程中的表达. 谭国飞,钟秀来,罗庆,王天文,孟平红. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序