3个澳洲坚果MYB蛋白靶基因的克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李冰

作者： 李冰;李季东;杨祥燕;蔡元保;李穆;曾黎明;黄思婕

作者机构：

关键词： 澳洲坚果;TOM基因;基因克隆;生物信息学分析

期刊名称： 农业研究与应用

ISSN： 2095-0764

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 1-9

摘要： 【目的】为阐明澳洲坚果MYB （v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog）蛋白靶基因的功能及分子作用机制提供了科学的理论依据。【方法】基于澳洲坚果转录组数据和RT-PCR方法克隆澳洲坚果MYB蛋白靶基因,并利用生物信息学分析这些基因编码蛋白质的同源性、系统进化、理化性质、亚细胞定位、跨膜域和信号肽。【结果】获得了3个新的澳洲坚果MYB蛋白靶基因MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3,GenBank登录号分别为MT319120、MT319121和MT319122。MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3都包含典型结构域VHS-ENTH-ANTH,与其它植物来源的TOM蛋白具有极高的序列相似度,与荷花TOM蛋白（XP＿010260421.1、XP＿010244847.1和XP＿010260421.1）的序列相似度分别高达68.93%、75.76%和68.80%。MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3蛋白均为亲水性蛋白。MiTOM1可能定位于细胞核,为非分泌蛋白和非跨膜蛋白;MiTOM2可能定位于细胞质,为跨膜分泌蛋白;MiTOM3可能定位于细胞核或微体,为非分泌蛋白和非跨膜蛋白。蛋白二级结构预测显示,MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3二级结构主要含有无规则卷曲和α螺旋。【结论】MiTOM1、 MiTOM2和MiTOM3包含TOM家族典型结构域VHS-ENTH-ANTH,可能在澳洲坚果体内物质运输及控制形态发育方面起重要作用。

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