猪TIMP-2基因克隆、序列特征和表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄宏刚

作者： 黄宏刚;肖邦;任红艳;唐中林;杨述林;崔文涛;牟玉莲;储明星;李奎

作者机构：

关键词： 猪;TIMP-2;电子克隆;序列特征;表达谱

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2009 年 40 卷 12 期

页码： 1727-1734

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究分析了五指山试验用小型猪TIMP-2基因的分子特性和可能的生物学功能。将人TIM-P2 mR-NA全长序列在猪ESTs数据库中检索获得同源性较高的ESTs,用电子克隆结合RT-PCR方法克隆获得包含完整CDS区的猪TIMP-2基因cDNA序列,应用生物信息学方法分析了其核苷酸序列及其编码蛋白质分子结构特性,应用RT-PCR研究该基因在猪不同组织和发育时期的特异表达情况。结果,猪TIM-P2 cDNA序列全长790 bp,包括663 bp的完整开放阅读框,编码221个氨基酸。多序列比对和系统进化分析表明,该基因编码蛋白质与人(97%)、大鼠(97%)、小鼠(97%)等物种TIMP-2蛋白质具有较高的同源性。蛋白质序列预测分析发现,猪TIMP-2氨基酸序列理论等电点(pI)为7.65,相对分子质量(MW)为24.5 ku,它包括27AA的前导序列和194AA的成熟肽段,其前导序列比其它物种多1个亮氨酸(Leu)。结构功能预测发现其具有1个在种间高度保守的NTR_TIMP结构域和N端VIRAK保守序列,序列中存在的12个半胱氨酸(Cys)可以形成6对二硫键结构。表达谱分析表明TIMP-2基因在猪的多个组织和不同发育时期的表达量存在较大差异,在睾丸、垂体、胃、大肠、卵巢、子宫和90 d胚胎骨骼肌中高表达;而在心脏、小肠、脑、肝脏、成年猪骨骼肌中表达量极低;在肾脏、胸腺、脾、甲状腺3、3 d胚胎中中度表达。结果表明该基因在发生组织发育和重构活动相对活跃的组织器官和时期表达水平较高,亦符合其固有生物学功能。

分类号： S828

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