苹果MdCyb5家族全基因组鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 董海清

作者： 董海清;吴萌萌;丁体玉;姚家龙;张恒涛;周喆;高启明;阎振立;陈迪新;张瑞萍

作者机构：

关键词： 苹果;细胞色素b5;基因家族分析;乙烯信号转导;基因表达

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 016 期

页码： 5282-5289

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 细胞色素b5(cytochromeb5,Cyb5)在植物的种子萌发、生长发育、抗逆性以及乙烯信号转导中起着重要作用.为揭示苹果Cyb5基因的功能,本研究对苹果Cyb5基因家族(MdCyb5)进行全基因组鉴定,并研究它们在苹果不同组织中(根,茎,叶,花,果实和种子)的表达模式.利用生物信息学手段,分析家族成员基因结构、转录因子结合位点(transcription factor binding sites,TFBS)、启动子顺式作用元件分布情况及染色体定位.同时对该基因家族成员编码蛋白质的理化性质、保守基序、系统进化关系进行分析.基于NCBI中苹果不同组织转录组数据,分析MdCyb5家族成员的表达情况.结果显示:(1)MdCyb5家族共有9个成员,编码区介于402~411 bp,在第0、1、4、5、7、10和16号染色体均有分布.(2)大部分MdCyb5基因包含3个外显子,所有成员均无信号肽且定位在内质网中.(3)系统进化树分析发现,MdCyb5可分为ClassⅠ和Class Ⅱ两类,且ClassⅡ又可细分为5个小组,其中含MdCyb5-2和MdCyb5-6的小组为苹果特有.(4)顺式作用元件和TFBS预测结果显示,MdCyb5成员存在多种植物激素相关和光响应元件以及大量的AP2/ERF结合位点.(5)NCBI的GEO中苹果不同组织转录组数据分析结果显示,MdCyb5s在叶、花、果实中的表达水平高于种子、茎和根中的表达.该家族的9个成员结构比较相似,在苹果生命活动及乙烯信号转导过程中发挥重要作用.

分类号： S661.1

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