粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周晓罡

作者： 周晓罡;李成云;赵之伟;苏源;张绍松;李进斌;杨静;刘林;业艳芬

作者机构：

关键词： 粗糙脉孢菌;信号肽;分泌蛋白

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2006 年 28 卷 02 期

页码： 200-207

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用信号肽预测软件SignalPv3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件bigPIPredictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetPv1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(openreadingframe,ORF)为252bp,最大为6604bp,平均1433bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间。在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能。这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务。

分类号： Q936

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