SSR引物及多态性位点数对陆地棉野生种系聚类结果的影响

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王坤波

作者： 王坤波;刘方;王春英;张香娣;王玉红;黎绍惠

作者机构： 中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室

关键词： 陆地棉;野生种系;SSR;引物;多态性位点;聚类

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2013 年 14 卷 02 期

页码： 237-242

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性的影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,占83.01%。多态信息含量范围为0.046～0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113～2.289之间变动,平均为1.248。显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性位点即可获得较准确的结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性位点才能获得较准确的结果。矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性位点聚类即可达到90对引物时的精度。此外,在引物量较少时,扩增位点数较多的引物所提供的信息量更大,随着引物量的增加,这种差距趋于不明显;等位位点总数较少时,引物数量更重要,随着位点数的增加,引物信息含量的重要性已高于引物数起主导作用。综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系的遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性位点150个以上,增加引物到50对以上为佳。

分类号： S562

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