基于高通量测序技术的鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张爱菊

作者： 张爱菊;郝雅宾;郭爱环;刘金殿;练青平;周志明

作者机构：

关键词： 引物验证;环境DNA;高通量测序;钱塘江

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 1615-1623

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了筛选出一个或多个适宜研究环境DNA(environmental DNA,eDNA)的鱼类通用引物,本实验选取了5对引物,分别对鱼类线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因、16S rDNA和细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段进行扩增.在对两个水样eDNA进行扩增后发现,引物CY45M和1634M均扩增出目的条带,且扩增产物质量适用于后续的高通量测序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均没有扩增出目的条带.继续对另外7个水样eDNA扩增后发现,引物CY45M和1634M在所有水样eDNA中均取得良好的扩增效果.对目的产物进行Illumina Miseq测序后发现,引物CY45M和1634M扩增产物注释上的鱼类物种均为11种,二者获得的鱼类种类既存在差异也存在重复.综上所述,引物CY45M和1634M都可作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物.

分类号： S931

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