洋葱WRKY基因家族鉴定及其在鳞茎发育过程中的表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李艳伟

作者： 李艳伟;王振宝;杨妍妍;霍雨猛;孙亚玲;刘冰江

作者机构：

关键词： 洋葱;WRKY基因家族;生物信息学分析;基因表达;转录组分析

期刊名称： 山东农业科学

ISSN： 1001-4942

年卷期： 2025 年 57 卷 001 期

页码： 1-11

摘要： 为了探讨洋葱WRKY转录因子家族的功能，本研究基于洋葱全基因组和鳞茎不同发育时期的转录组数据，利用生物信息学方法筛选并鉴定到55个AcWRKY基因家族成员，其编码蛋白序列长度为144～683 aa,等电点为5.11～9.65,脂肪系数为47.14～77.24,均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果表明，这55个AcWRKY蛋白都定位在细胞核中。进化树分析显示，洋葱WRKY家族基因分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ三大类，其中GroupⅡ组可进一步分为5个亚组，洋葱和拟南芥WRKY蛋白在各组中均有分布，推测相同组或亚组中洋葱与拟南芥的WRKY转录因子可能具有相似的功能。保守结构域分析发现，所有AcWRKYs均具有高度保守的WRKYGQK基序及其特有的锌指结构，少数成员存在保守结构域的变异。基因结构和保守基序分析结果显示，不同AcWRKY成员的外显子和motif在数量和分布上存在一定差异，同一组或亚组的成员表现出一定的相似性。转录组数据分析结果表明，绝大多数AcWRKYs基因直接或者间接参与了洋葱鳞茎的发育与形成。本研究结果可为深入研究AcWRKY基因在洋葱鳞茎形成中的机制提供参考。

分类号： S633.2

  • 相关文献

[1]菠萝蜜WRKY基因家族注释及在低温胁迫下的表达模式分析. 马湘玮,朱鹏锦,杜英俊,宋奇琦,叶维雁,唐秀观,何江,钟云婕,欧景莉,庞新华. 2025

[2]普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析. 向小华,吴新儒,晁江涛,杨明磊,杨帆,陈果,刘贯山,王元英. 2016

[3]洋葱黄酮醇合成酶基因的克隆与表达分析. 王振宝,杨妍妍,刘冰江,霍雨猛,李艳伟,孙亚玲,吴雄. 2022

[4]基于转录组的洋葱bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析. 陈微,潘美红,惠林冲,李威亚,郇国磊,何林玉,缪美华,陈振泰,杨海峰. 2023

[5]洋葱花青苷合成相关基因表达与不同层鳞片颜色的关系. 陈微,惠林冲,李威亚,潘美红,郇国磊,何林玉,缪美华,杨海峰. 2021

[6]含硫氨基酸蛋白与GFP融合基因的表达分析. 关宁,王涌鑫,李聪,苗丽宏,张博. 2009

[7]洋葱苯丙氨酸解氨酶基因AcPAL2的克隆与表达分析. 梁毅,刘小义,张洪伟,谭武平. 2015

[8]洋葱S型细胞质雄性不育相关基因的挖掘及分子标记开发. 陈立,杨亚会,霍雨猛,刘冰江,孙雨晴,杨建平,吴雄,杨妍妍. 2018

[9]洋葱查尔酮合成酶基因的分子克隆和表达分析. 霍凤梅,缪军,张一卉,杨妍妍,刘冰江,霍雨猛,杨建平,吴雄. 2010

[10]洋葱UFGT基因的克隆和表达分析. 张洪伟,梁毅,刘小义,谭武平. 2015

[11]灰毡毛忍冬MADS-box基因家族AGL15基因的克隆、生物信息学和表达分析. 蔡嘉洛,朱贻霖,陈林,樊悦,刘峰,张亚丽,欧阳琳,刘湘丹. 2016

[12]糜子抗白粉病基因(Mlo)编码蛋白的序列特征及表达分析. 石甜甜,何杰丽,秦明月,陈凌,王海岗,王瑞云,乔治军. 2018

[13]小麦细胞分裂素受体基因TaHK1的生物信息学及表达特性分析. 孙丽静,赵慧,吕亮杰,张颖君,胡梦芸,刘茜,李辉. 2019

[14]玉米蔗糖转运蛋白基因ZmSUT4克隆及其低温胁迫下的表达模式. 弓雪,姜敏,齐欣,刘欣芳,卢生乔,陈坤,刘亚利,张述宽,马涛,杨耀迥. 2019

[15]‘富士’苹果Ca~(2+)/H~+反向转运蛋白基因生物信息学及表达模式分析. 程玉豆,冯云霄,关军锋. 2015

[16]荔枝漆酶(LAC)基因家族鉴定及表达分析. 李郑华,姜成东,王鹏,李芳,王树军,刘耀婷,李焕苓,王果,王家保. 2023

[17]小麦TaMICU1-6A基因的克隆、生物信息学及表达分析. 李欣,李鲁华,任明见,安畅,洪鼎立,赵鹏鹏,徐如宏. 2024

[18]绵羊MYL基因家族的鉴定与组织表达分析. 杨杨,余乾,刘昱成,杨华,赵卓,王立民,周平,杨庆勇,代蓉. 2024

[19]甘薯CLE多肽家族的全基因组鉴定和IbCLE12的克隆及抗旱性表达分析. 周媛媛,赵春玲,侯夫云,李爱贤,秦桢,王庆美,董顺旭. 2023

[20]甘蔗ScHAK10基因克隆及表达分析. 罗海斌,蒋胜理,黄诚梅,曹辉庆,邓智年,吴凯朝,徐林,陆珍,魏源文. 2018

作者其他论文 更多>>

微信小程序