利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 南文智

作者： 南文智;吴嫚;于霁雯;范术丽;黄双领;李兴丽;张红卫;张金发;喻树迅

作者机构：

关键词： 棉花miRNA;高通量测序;棉花D5基因组;靶基因预测

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2013 年 25 卷 04 期

页码： 300-308

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： miRNA(microRNA)是一类21～24个核酸长度的非编码小分子RNA(sRNA),它主要通过抑制或降解靶基因来调控植物生长发育等过程。试验利用在纤维长度上有显著差异的2个回交自交系BILs(Backcrossinbred lines)的0 DPA(Days post anthesis)、3 DPA的胚珠和10 DPA的纤维构建6个sRNA文库并进行Solexa测序。以已公布的棉花D5基因组序列和棉属其他序列为参考,经分析共发现561个miRNAs,其中包括254个已知的miRNAs(属于40个miRNA家族),75个候选的miRNAs和232个新的miRNAs,研究结果极大地丰富了棉属miRNAs。通过miRNA靶基因预测分析发现多数miRNAs负调控其对应的靶基因,少数正调控。KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释结果表明miRNA的靶基因在植物激素代谢途径中显著富集。

分类号： S562

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