剑麻斑马纹病菌EST-SSR标记开发与评价

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴伟怀

作者： 吴伟怀;汪涵;汪全伟;习金根;郑金龙;梁艳琼;李锐;黄兴;杨蕊馨;贺春萍;易克贤

作者机构：

关键词： 剑麻斑马纹病菌;表达序列标签(EST);SSR;分子标记

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2017 年 06 期

页码： 1094-1100

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 剑麻斑马纹病是剑麻生产中具有破坏性的一种真菌病害。本研究从Gen Bank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest)中随机下载10 525条寄生疫霉EST序列,经过去冗余处理后得到5 519条无冗余EST。利用MISA(MIcro SAtellite identification tool)软件进行SSR发掘,从中共搜索到199个1~6碱基SSR,其中三核苷酸重复基元类型最多,共鉴定到55个,占SSR总数的27.6%;其次是二核苷酸重复基元类型和单核苷酸重复基元类型,分别鉴定到51和47个,各占所鉴定SSR总数的25.6%和23.6%。进一步分析表明,AG/CT二核苷酸重复基元类型为优势重复类型,占二核苷酸SSR总数的76.5%。而AAG/CTT和AGC/CTG 2个基元类型在三核苷酸中出现频率最多,分别为15和11次,分别占三核苷酸SSR总数的27.3%及20.0%。从鉴定的199个SSR中,选取含有SSR的合适区段设计了22对引物,并通过18个剑麻斑马纹病菌菌株的基因组DNA进行了评价,结果只有其中9对引物能从剑麻斑马纹病菌基因组DNA中有效扩增,其扩增移效率为40.9%。由此表明,利用此方法来开发剑麻斑马纹病菌的分子标记具有可行性,只是存在一个转移效率问题。

分类号： S435.63

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