梅花鹿鹿茸全长转录组测序及鹿茸产量相关基因的挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 闵祥玉

作者： 闵祥玉;卫佳丽;许彪;刘汇涛;郑军军;王桂武

作者机构：

关键词： 梅花鹿鹿茸;全长转录组测序;产茸性状;功能基因;差异分析

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 55 卷 012 期

页码： 5549-5566

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在获得梅花鹿鹿茸组织全长转录本和结构信息，并进一步挖掘出影响梅花鹿鹿茸产量的功能基因。本研究采取饲养管理条件一致的6头2锯龄健康雄性东大梅花鹿，取其相同部位鹿茸组织。根据茸重将鹿茸分为高、低产两组，每组3个重复。利用PacBio Sequel平台以及Illumina平台分别对高、低产鹿茸混合样品进行全长转录组测序。结合高、低产两组二代测序技术，使用SUPPA、KOBOS-I、Cytoscape等工具对可变剪接、功能富集及Hub基因等预测分析。高、低产组测序分别获得有效插入片段36 074 385 bp和32 413 962 bp;转录因子注释显示高产组中bHLH家族转录本数量要高于TF＿bZIP家族，低产组中则相反。高产鹿茸组共存在6 644个可变剪接事件，而低产鹿茸组则为7 626个可变剪接事件；经比对，COL1A1在多个融合基因中起主效作用；两组样品中共筛选出207个差异表达基因，KEGG富集显示差异表达基因主要集中在甲状旁腺激素的合成、分泌以及胆固醇代谢等通路；鉴定到11个Hub基因，分别是APOB、SH3GL2、SYT1、ANGPTL4、FGF21、CACNA1E、SERPINF2、CACNB4、KLK4、LRP2、KCNA1。本研究结果为进一步的功能基因鉴定工作和分子育种策略的发展提供了新的理论基础和研究路径。

分类号： S825

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