基于转录组的剑麻杂交种‘11648号’GATA基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 鹿志伟

作者： 鹿志伟;侯晓婉;杨子平;张燕梅;李俊峰;周文钊

作者机构：

关键词： 剑麻(Agave sisalana);GATA;基因家族;转录组

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 18 卷 13 期

页码： 4290-4300

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： GATA转录因子在植物中广泛存在,并参与生长发育、生物和非生物胁迫等多种生物学过程,为深入阐明GATA基因家族在剑麻相关生物学过程中的重要功能。本研究基于转录组水平鉴定手段,对剑麻基因家族进行鉴定分析以及表达模式研究。在前期已完成的RNA-seq数据上,利用相关软件对剑麻GATA基因家族进行鉴定,同时对得到的剑麻GATA基因进行理化性质、保守结构域、进化关系和表达模式分析。在剑麻中共筛选获得23个GATA基因,其编码蛋白质的氨基酸数目在118～581之间,分子量约为12.74～64.87 ku,等电点为5.19～10.22。亚细胞定位预测结果显示18个AhGATAs定位于细胞核,3个AhGATAs定位于叶绿体,2个定位于线粒体。AhGATAs基因家族含有GATA、RPN13_C、AhXH、CCT和Tify这5个相对保守的结构域。进化树分析表明剑麻GATA蛋白可分为5个亚家族。23个剑麻GATA基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律。本研究在转录水平上初步完成了剑麻GATA基因家族的鉴定与功能分析,为后续深入解析AhGATAs基因在剑麻中的具体功能提供参考。

分类号： S563.8

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