生防菌Bacillus subtilis DNKAS全基因组测序及生物膜形成相关基因分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王骞

作者： 王骞;包慧芳;丁荣荣;史应武;杨红梅;楚敏;王宁

作者机构：

关键词： 枯草芽孢杆菌;全基因组测序;比较基因组;生物膜

期刊名称： 草食家畜

ISSN： 1003-6377

年卷期： 2022 年 005 期

页码： 56-64

摘要： 为深入挖掘和利用枯草芽孢杆菌及其基因资源,本研究利用BGISEQ-50平台对一株具有生防潜力的B. subtilis DNKAS进行了全基因组测序,通过基因组装、基因预测和功能注释,与其他8株枯草芽孢杆菌进行了比较基因组分析。结果显示:DNKAS基因组大小为4.15Mb,GC含量为43.42%,预测编码基因4 359个。在DNKAS基因组中注释到4 217个基因具有直系同源蛋白簇分类。比较基因组分析表明:DNKAS符合枯草芽孢杆菌基因组的基本特征,与其他8株枯草芽孢杆菌共有1 354个同源基因。DNKAS中与生物膜形成相关基因26个,其中编码XRE家族转录调控因子、HTH型转录调控基因等涉及生物膜通透性、脂类合成相关基因均与B. subtilis NCD-2对应的功能基因相同，两株菌在PTS系统，糖特异性IIA成分基因存在较大差异。对DNKAS全基因组序列的注释和功能分析，为深入研究其定殖特性和作用机制,并更有效地利用其防控杂草列当提供了基础。

分类号： S476.1

  • 相关文献

[1]胡椒瘟病生防菌Bacillus subtilis VD18R19全基因组测序及比较基因组学分析. 高圣风,刘爱勤,桑利伟,孙世伟,苟亚峰,王政,孟倩倩. 2018

[2]牧草分子遗传连锁图谱及其应用. 谢文刚,刘文献,张建全,王彦荣. 2014

[3]苏云金芽胞杆菌G03菌株的比较基因组分析. 姚萌,王奎,束长龙,杜立新,李海涛,丁明月,刘荣梅. 2018

[4]马基因组研究进展. 杨虹,马月辉,李蓓,芒来. 2010

[5]茶树GRF转录因子的比较基因组学和杂种优势. 侯炳豪,王鹏杰,郭永春,王丽,谷梦雅,张兴坦,叶乃兴. 2022

[6]甘蔗遗传多样性的分子检测. 陈辉,范源洪. 2003

[7]牛带绦虫和亚洲带绦虫全基因组测序、比较基因组及胰岛素信号通路研究. 王帅,才学鹏. 2015

[8]比较基因组揭示广西酸菜乳杆菌碳水化合物活性酶谱. 彭明芳,李培骏,单杨,陈玉秋,杨岱峻,雷丽嫦,黄芝辉,余孔新. 2021

[9]鳞翅目昆虫比较线粒体基因组学研究进展. 王维,孟智启,石放雄,李风波. 2013

[10]7种茄科植物染色体的演化关系研究. 付钰,张令奎,黄议乐,杨印庆,陈姝敏,张亢,李良俊,程锋. 2023

[11]萝卜全基因组抽薹开花相关基因的鉴定及比较基因组学分析. 汪精磊,邱杨,程锋,段蒙蒙,张晓辉,李锡香. 2015

[12]水稻外源DNA导入变异系与受体的农艺性状差异及其基因变异分析. 胡远艺,彭彦,毛毕刚,王津津,赵炳然. 2013

[13]高质量竹黄菌全基因组DNA的提取方法比较. 黄青青,乙引,魏洪美,任锡毅,刘永翔. 2015

[14]一株分离自鸡肉样品的多重耐药大肠埃希菌的全基因组测序及耐药性研究. 常江,罗怡,唐标,张玲,戴贤君,裘罕琦,杨华,夏效东. 2019

[15]吲哚放线杆菌AIFJ1607株全基因组测序及耐药特性分析. 车勇良,陈秋勇,陈如敬,吴学敏,王隆柏,刘玉涛,周伦江. 2021

[16]紫芝栽培品种‘武芝2号’(‘紫芝S2’)全基因组测序及分析. 陈体强,徐晓兰,石林春,钟礼义. 2021

[17]抗病毒转基因大豆事件外源T-DNA序列分析及定性检测. 刘东波,邢国杰,赵倩倩,杨静,牛陆,杨向东,仲晓芳. 2020

[18]牛源乳腺致病性大肠杆菌JL05全基因测序及毒力和耐药基因分析. 曲星霖,肖丹,吴健,马晓媛,白翠,王妍,王楠. 2020

[19]山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV-2FJ株的分离纯化和全基因组序列分析. 江锦秀,林裕胜,张靖鹏,游伟,黄丽丽,毛坤明,胡奇林. 2020

[20]山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析. 江锦秀,张靖鹏,林裕胜,毛坤明,游伟,黄丽丽,胡奇林. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序