绵羊全基因组ROH检测及候选基因鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘家鑫

作者： 刘家鑫;魏霞;邓天宇;谢锐;韩建林;杜立新;赵福平;王立贤

作者机构：

关键词： 长纯合片段;基因组近交系数;高频ROH区域;候选基因;绵羊

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2019 年 8 期

页码： 1554-1566

摘要： 旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因.本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释.结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异.ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均FROH的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊).引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均FROH明显高于地方品种.在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均FROH.在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9.基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因.

分类号： S826.2

  • 相关文献

[1]绵羊多胎基因BMPR-IB,BMP15的研究进展. 黄顺国,额尔和花,王新燕,顾亚玲,高晓原. 2007

[2]羊肉品质评价指标及重要候选基因研究进展. 刘星,孔园园,张雪莹,李发弟,李万宏,乐祥鹏. 2020

[3]TGF-β通路相关基因在绵羊性腺轴组织的表达分析. 李芝丰,孙伟,储明星. 2021

[4]绵羊重要经济性状可用遗传标记研究进展. 李晓杰,韩建刚,梁奔梦,叶绍辉,蒋琳,马月辉. 2023

[5]发情相关基因在小尾寒羊性腺轴组织中的表达分析. 陈玉林,贺小云,刘玉芳,储明星. 2021

[6]绵羊基因组研究进展. 杨博辉,岳耀敬,王丽萍,牛春娥,焦硕,孙晓萍,郭健,刘建斌,郎侠. 2009

[7]7个基因在小尾寒羊性腺轴相关组织中的表达差异分析. 周祖阳,贺小云,刘玉芳,储明星. 2021

[8]绵羊多羔性状候选基因的研究进展. 王建英,曹顶国,刘昭华,崔绪奎,王金文,张果平. 2017

[9]小尾寒羊FSHβ和LHβ基因在生殖轴的表达研究. 寸静宇,刘秋月,王翔宇,狄冉,胡文萍,张效生,张金龙,赵永聚,储明星. 2019

[10]利用"黄海芯1号"55K SNP芯片评估凡纳滨对虾选育群体的遗传多样性与基因组近交水平. 刘丹阳,孔杰,王平,陈荣坚,傅强,罗坤,陈宝龙,隋娟,孟宪红,代平,谭建,曹家旺,李旭鹏,康子仪,刘绵宇,强光峰,迟长凤,栾生. 2024

[11]基于简化基因组的上海水牛遗传结构分析和家系鉴定. 孙玲伟,高骏,陆雪林,章伟建,刘炜,胡杰,张德福,戴建军. 2024

[12]野家杂交猪F_1代群体8个繁殖功能基因的多态性分析. 张冬杰,刘娣,杨国伟. 2009

[13]马毛色遗传的分子基础与应用. 李蓓,何小龙,赵一萍,王晓静,芒来,张焱如. 2010

[14]利用重测序和集团分离分析鉴定水稻中胚轴延长相关染色体区域. 李亚南,严明,冯芳君,吴金红,徐小艳,范佩清,梅捍卫. 2017

[15]家畜胚胎干细胞多能性候选信号通路及分子标志. 赵云程,陈博,周川,张秀华,黄俊成. 2010

[16]马铃薯晚疫病抗性相关基因定位及QTL位点分析. 田振东,柳俊,谢从华. 2011

[17]肉牛生长速度功能基因研究进展. 蒋秋斐,顾亚玲,罗晓瑜,洪龙,马丽娜,封元,张娟,巫亮,宫秀燕. 2014

[18]一个水稻抗逆候选基因OsHMGB3的鉴定与评价. 陈守俊,刘鸿艳,罗利军. 2012

[19]桃果实糖代谢研究进展. 叶正文,李雄伟,马亚萍,刘盼,苏明申,周京一,杜纪红. 2019

[20]添加不同因子对绵羊类胚胎干细胞多能性的影响. 张秀华,石庆华,赵云程,林嘉鹏,汪立芹,周川,金贤华,黄俊成. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序