基于转录组测序筛选鸡皮肤毛囊性状相关基因和关键通路

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈春

作者： 陈春;魏岳;黄聪;黎观红;谢金防;武艳平

作者机构：

关键词： 崇仁麻鸡;皮肤毛囊;转录组测序;差异表达基因;信号通路;荧光定量

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2023 年 38 卷 006 期

页码： 218-227

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析,筛选关键的差异表达基因和信号通路,探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制.采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq).最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证.研究结果如下:共筛选出了 3 856 个差异表达基因,在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971 个差异表达基因,其中274 个表达上调,697 个表达下调.在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529 个差异表达基因,其中1 477 个 上调,2 052 个下调.在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3 个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14.在GO功能显著富集中,BGB vs YGB比较组合富集到了516 个GO term,BMB vs YMB比较组合富集到了1 020 个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动.显著富集了多条KEGG通路,在BGB vs YGB比较组合中富集了 8 条显著的KEGG通路,在BMB vs YMB比较组合中富集了20 条显著的KEGG通路,筛选出了3 条关键通路Wnt信号传导途径、神经活性配体-受体调控通路和TGF-β调控通路.荧光定量结果显示,随机选取的5 个差异基因在皮肤毛囊中的表达与RNA-Seq走向趋势一致.综上所述,筛选的KRT75、KRT6A、KRT14 基因可能影响鸡皮肤毛囊性状;神经活性配体-受体调控通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路均是调控鸡皮肤毛囊性状的重要通路.

分类号： S858.31

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