辣椒EST-SSR信息分析及标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张宇

作者： 张宇;张晓芬;陈斌;耿三省;李焕秀;李珍

作者机构：

关键词： 辣椒;EST;SSR;标记

期刊名称： 西北农业学报

ISSN： 1004-1389

年卷期： 2010 年 19 卷 09 期

页码： 186-192

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用SSRIT软件从NCBI数据库中19 173条辣椒EST序列中筛选到612个SSR,检出率为3.19%。共观察到51种重复基元,其中三核苷酸基序是主导类型,占总SSR的60.46%;AG/GA/CT/TC,AAG/AGA/GAA/CTT/TTC/TCT,TAAT,ATATA和CTGCTC分别是二、三、四、五和六核苷酸基序的优势重复基序,在所有SSR中的出现频率各自为13.40%、16.18%、1.80%、3.27%及2.12%。辣椒EST-SSR以5~10次重复为主,基序长度集中在15~20 bp范围内。利用含SSR的576条EST序列共设计357对引物,在合适的PCR条件下337(94.40%)对引物显示出清晰条带,75对(21.01%)引物表现多态性,表明EST-SSR标记在辣椒遗传分析与应用中是有价值且可行的。

分类号： S641.3

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