基于微流控芯片的鲑科鱼类单核苷酸多态性分型系统构建

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵紫霞

作者： 赵紫霞;许建;吴碧银;曹顶臣;白庆利;徐鹏;马卓君

作者机构：

关键词： 鲑科鱼类;单核苷酸多态性;微流控芯片;增殖放流;亲权鉴定

期刊名称： 水生生物学报

ISSN： 1000-3207

年卷期： 2022 年 46 卷 008 期

页码： 1120-1129

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发针对大规模样本、低通量位点的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)分型技术,研究依据虹鳟高通量SNP芯片检测鲑科4个属不同物种群体样本的结果,筛选获得了96个高质量共享多态性位点,应用Fluidigm 96.96微流控动态芯片平台,构建了用于鲑科物种增殖放流个体识别的SNP分型系统.以细鳞鲑为例评估芯片分型结果可靠性,分型成功率为98.63%,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到97.92%.基于该芯片分型结果,使用CERVUS 3.0.7软件对96尾细鳞鲑子代样本及其候选亲本和干扰亲本进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱,在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent,NE-1P)为4.362×10–4,用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair,NE-PP)为6.538×10–12,完全满足增殖放流回捕个体分子鉴定的需求.基于该芯片分型数据进行STRUCTURE遗传结构分析,可以明确区分不同来源野生群体的遗传组分,并对待测个体的遗传组分进行初步判别,能够满足种群遗传结构初步评估的需求.研究构建的包含96个位点的SNP分型系统,适合应用于鲑科鱼类增殖放流个体识别、种群遗传结构动态评估,以及在此基础上开展的增殖放流效果评估.

分类号： Q953%S917.4

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