扩增子测序结合高分辨率溶解曲线鉴定花生单核苷酸多态

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李杏瑜

作者： 刘颖;朱方何;洪彦彬;刘洪

作者机构：

关键词： 花生;单核苷酸多态;扩增子;高分辨率溶解曲线

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 09 期

页码： 1970-1979

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 异源四倍体花生(Arachis hypogaea L.)包含两套基因组,分别来自二倍体祖先A.duranensis(A基因组)和A.ipaensis(B基因组)。相对于二倍体,异源四倍体SNP的鉴定和分析面临更多挑战,因为在SNP的鉴定和分析过程中,通常需要同时分析两套基因组中相同位点的DNA序列。本研究以12个花生品种和2个二倍体祖先为材料,通过扩增子重测序EST和GSS(各100条序列)开发SNP。结果显示共检测出18个EST-SNPs和44个genomic-SNPs,出现频率分别为1 SNP/2 557 bp和1 SNP/1 011 bp。为了进一步评估和应用所开发的SNP,采用高分辨率溶解曲线方法对96个花生品种进行SNP基因分型。EST-SNP在供试品种中的多态性信息量介于0.021~0.413,平均为0.172。Genomic-SNP的多态性信息量介于0.08~0.478,平均为0.249。本研究表明采用扩增子测序和HRM方法能够从异源四倍体花生中准确鉴定SNP,且所开发的SNP信息量丰富,能够用于花生遗传育种研究。

分类号： S565.2

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