QTL作图中零假设检验统计量分布特征及LOD临界值估计方法

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙子淇

作者： 孙子淇;李慧慧;张鲁燕;王建康

作者机构：

关键词： QTL作图;似然比检验;LOD统计量;零假设;显著性水平;独立检验次数;QTL mapping; Likelihood ratio test; LOD score; Null hypothesis; Significance level; Number of independent tests

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2013 年 39 卷 001 期

页码： 1-11

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 研究QTL作图中零假设检验统计量分布特征,可以帮助我们选取合适的LOD临界值,以控制全基因组显著性概率水平下犯第一类错误的概率。本文利用模拟方法,研究了QTL作图中单个扫描位点的似然比检验(LRT)统计量在零假设下的分布特征、影响最大LOD统计量累积分布的因素以及不同群体在不同标记密度下有效独立检验次数与染色体长度的关系。结果表明,在定位加显性效应QTL的一维扫描和定位上位性互作QTL的二维扫描中,单个扫描位置上的LRT统计量均服从卡方分布,其自由度等于检测QTL遗传参数的个数;染色体个数、群体大小和表型测量误差方差对零假设下检验统计量的分布没有影响,即不影响LOD临界值的选取,而群体类型、标记密度和染色体长度有明显影响,BC、RIL和F2三种类型的群体中,BC。群体的临界值最小,F2群体的临界值最大,标记越密染色体越长,对应的LOD临界值越大;QTL一维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈正比,二维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈二次幂关系。借助Bonferroni矫正,给出了全基因组显著性水平与单个扫描位点显著性水平问的关系,因此,研究者可根据作图群体的群体类型、标记密度和基因组长度,很方便地确定特定全局显著性概率水平下的LOD临界值。

分类号： O212.1

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