基于单倍型肉牛屠宰性状全基因组关联分析研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李宏伟

作者： 李宏伟;徐凌洋;王泽昭;蔡文涛;朱波;陈燕;高雪;张路培;高会江;李俊雅

作者机构：

关键词： 肉牛;单倍型;单核苷酸多态性;全基因组关联分析;连锁不平衡

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2022 年 012 期

页码： 4232-4243

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 单倍型标记与数量性状基因座（quantitative trait loci, QTL）之间具有较强的连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）关系，在基因定位和因果突变鉴定方面具有较高的应用价值。为了评估单倍型标记在基因组研究中的作用，本研究在华西牛资源群体中，选取该群体于2008—2021年间屠宰的共计1 478头平均月龄为24个月的个体进行研究，其中公牛1 333头，母牛145头。利用770K高密度芯片数据，基于LD阈值（r~2＞0.3）及固定单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism, SNP）个数（5个连续SNP）两种方法进行单倍型构建，分别采用单位点SNP标记和两种单倍型标记共3种标记，基于GCTA的混合线性模型（mixed linear model, MLM）,开展宰前活重（LW）和屠宰率（DP）等屠宰性状的全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）,定位影响屠宰性状的显著（P＜0.05）SNPs、单倍型块和候选基因，同时比较3种标记的GWAS结果，评估3种标记的优劣。结果显示，3种标记在全基因组范围内共找到16个的显著SNPs及单倍型区域，主要分布于1、5、6、14、16、17和28号染色体上，同时鉴定到FAM184B、PPM1K、LCORL、RIMS2等10个与屠宰性状相关的候选基因，其中，基于SNP标记方法鉴定到的3个候选基因，在利用基于单倍型标记的方法中也鉴定到，且单倍型鉴定到的显著性位点或区域大多位于基因内部。在两种单倍型构建方法中，与基于固定SNP个数构建单倍型进行GWAS相比，基于LD阈值的构建方法鉴定到了更多候选基因。本研究结果表明，以单倍型开展GWAS可以综合考虑SNP位点间连锁关系，能较好地揭示复杂性状的遗传结构。

分类号： S823

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