文献类型： 中文期刊
第一作者： 李宏伟
作者： 李宏伟;徐凌洋;王泽昭;蔡文涛;朱波;陈燕;高雪;张路培;高会江;李俊雅
作者机构：
关键词： 肉牛;单倍型;单核苷酸多态性;全基因组关联分析;连锁不平衡
期刊名称： 畜牧兽医学报
ISSN： 0366-6964
年卷期： 2022 年 012 期
页码： 4232-4243
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 单倍型标记与数量性状基因座（quantitative trait loci, QTL）之间具有较强的连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）关系，在基因定位和因果突变鉴定方面具有较高的应用价值。为了评估单倍型标记在基因组研究中的作用，本研究在华西牛资源群体中，选取该群体于2008—2021年间屠宰的共计1 478头平均月龄为24个月的个体进行研究，其中公牛1 333头，母牛145头。利用770K高密度芯片数据，基于LD阈值（r~2＞0.3）及固定单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism, SNP）个数（5个连续SNP）两种方法进行单倍型构建，分别采用单位点SNP标记和两种单倍型标记共3种标记，基于GCTA的混合线性模型（mixed linear model, MLM）,开展宰前活重（LW）和屠宰率（DP）等屠宰性状的全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）,定位影响屠宰性状的显著（P＜0.05）SNPs、单倍型块和候选基因，同时比较3种标记的GWAS结果，评估3种标记的优劣。结果显示，3种标记在全基因组范围内共找到16个的显著SNPs及单倍型区域，主要分布于1、5、6、14、16、17和28号染色体上，同时鉴定到FAM184B、PPM1K、LCORL、RIMS2等10个与屠宰性状相关的候选基因，其中，基于SNP标记方法鉴定到的3个候选基因，在利用基于单倍型标记的方法中也鉴定到，且单倍型鉴定到的显著性位点或区域大多位于基因内部。在两种单倍型构建方法中，与基于固定SNP个数构建单倍型进行GWAS相比，基于LD阈值的构建方法鉴定到了更多候选基因。本研究结果表明，以单倍型开展GWAS可以综合考虑SNP位点间连锁关系，能较好地揭示复杂性状的遗传结构。
分类号： S823
- 相关文献
[1]Amy6-4基因遗传多样性及其与α-淀粉酶活性的关联分析. 姜晓东,郭刚刚,张京. 2014
[2]关联分析及其在植物遗传学研究中的应用. 吴子恺,程伟东,王天宇,黎裕. 2011
[3]玉米耐盐基因ZmHKT1的序列变异分析. 姜志磊,姜昱,刘艳芝,蒋超,金峰学. 2015
[4]尼罗罗非鱼β_2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析. 张栋,高风英,卢迈新,曹建萌,刘志刚,可小丽,王淼. 2018
[5]海南短日照条件下谷子穗部性状的全基因组关联分析. 贾小平,张博,董志平,全建章,王永芳,张小梅,袁玺垒,李剑峰,戴凌峰. 2018
[6]白菜类作物开花时间的全基因组关联分析. 高宝祯,刘博,李石开,梁建丽,程锋,王晓武,武剑. 2017
[7]全基因组关联分析在作物中的研究进展. 任生林,吴才文,经艳芬,刘家勇. 2024
[8]白菜型油菜开花时间的全基因组关联分析. 江建霞,李延莉,蒋美艳,朱吉风,周熙荣,王伟荣,沈淳,张俊英,杨立勇. 2021
[9]绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析. 谢秀兰,梁小军,马青,马小明,马丽娜,岳彩娟,杨炜迪,额尔和花. 2018
[10]基于NCⅡ遗传交配设计的籼稻抽穗期全基因组关联分析. 徐凯,郑兴飞,张红燕,胡中立,宁子岚,李兰芝. 2023
[11]栽培大豆(G. max)和野生大豆(G. soja)的Glyma13g21630基因多样性. 张乐,李英慧,刘章雄,邱丽娟. 2011
[12]双乾肉羊ATG5基因第1外显子多态性及与肉质性状的关联分析. 崔超,杨少滢,梁应嘉,缪立生,肖成,刘宇,金海国,王昱,曹阳. 2023
[13]小麦TaPK7基因单核苷酸多态性与抗旱性的关系. 张洪映,毛新国,景蕊莲,谢惠民,昌小平. 2008
[14]小麦抗旱相关基因TaCRT-D单核苷酸多态性分析. 王计平,毛新国,景蕊莲,李润植,昌小平. 2008
[15]沃金黑牛GPR41基因多态性及其与不同阶段生长性状的相关性分析. 刘宇,肖成,金海国,杨少滢,缪立生,沈宏旭,曹阳. 2022
[16]大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性分析. 朱彩梅,张京. 2010
[17]栽培大豆(G.max)和野生大豆(G.soja)的Glyma13g21630基因多样性. 张乐,李英慧,刘章雄,邱丽娟. 2011
[18]大豆叶柄夹角相关基因GmILPA1单倍型分析. 陈玲玲,刘亭萱,谷勇哲,宋健,王俊,邱丽娟. 2021
[19]青海省细粒棘球蚴线粒体cox1基因和nad1基因多态性的研究. 马睿麟,娄忠子,李立,胡广卫,赵全邦. 2014
[20]小麦转录因子基因TaNAC67参与调控穗长和每穗小穗数. 张宏娟,李玉莹,苗丽丽,王景一,李超男,杨德龙,毛新国,景蕊莲. 2019
作者其他论文 更多>>
-
耐盐促生菌发酵对黑水虻虫粪组成及其应用效果的影响
作者：黄欣;谷青青;吴玲;曹凡;金雨晴;陈燕;郭聪;柯裴蓓;李玉娟
关键词：黑水虻虫粪;耐盐促生菌;发酵;有机肥;白菜
-
不同芯片密度对华西牛重要经济性状基因组评估准确性的影响
作者：王元清;王泽昭;朱波;陈燕;徐凌洋;张路培;高会江;李超;李俊雅;高雪
关键词：华西牛;基因组选择;标记密度;育种芯片;中国肉牛基因组选择指数
-
小麦花粉孔发育相关TaINP1基因鉴定及表达分析
作者：马蓓;公杰;杜银柯;甘雨薇;程蓉;朱波;易丽霞;马锦绣;高世庆
关键词：小麦;花粉孔发育;INP1基因家族;表达模式;低温
-
精准基因编辑技术在家畜育种中的研究进展
作者：王佳美;李欣淼;高雪;张路培;李俊雅;彭巍;张君;雷初朝;黄永震
关键词：精准基因编辑;单碱基编辑;CRISPR-Cas;引导编辑;生物育种
-
蒙山牛诱导多能干细胞的建立
作者：赵文轩;高雪;余大为;高晨;李俊雅
关键词：蒙山牛;多能性;体细胞重编程;诱导多能干细胞
-
西藏饲草燕麦引进与配套栽培技术集成应用
作者：金涛;曲广鹏;隋永建;赖可;彭君;陈航;高雪
关键词：
-
草莓组培苗不定根响应羧基化碳纳米管处理的转录组分析
作者：曹凡;陈燕;谷青青;郭聪;吴玲;徐秋霞;黄欣;李玉娟
关键词：红颜草莓;碳纳米管;转录组测序;植物组织培养
