番茄斑萎病毒属病毒非结构蛋白NSs的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郑宽瑜

作者： 郑宽瑜;董家红;苏晓霞;方琦;郑雪;张仲凯

作者机构：

关键词： 番茄斑萎病毒属;非结构蛋白;NSs;生物信息学

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2014 年 27 卷 02 期

页码： 646-651

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行模体预测分析,结果显示Tospovirus病毒NSs共有的蛋白修饰:C蛋白激酶磷酸化、酪蛋白激酶II磷酸化和N-酰基化。此外,不同种的Tospovirus病毒NSs模体也表现出了多样性的特点。预测结果为下一步研究NSs功能奠定了基础。

分类号： S436.412

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