基于流式细胞术和K-mer分析的荆芥基因组大小评估

文献类型： 中文期刊

第一作者： 姜涛

作者： 姜涛;刘灵娣;田伟;刘铭;温春秀

作者机构：

关键词： 荆芥;流式细胞术;K-mer;基因组大小

期刊名称： 特产研究

ISSN： 1001-4721

年卷期： 2023 年 45 卷 006 期

页码： 1-5

摘要： 荆芥是我国常用大宗药材.为了研究荆芥基因组大小,本研究采用流式细胞术和K-mer分析方法对荆芥进行了基因组大小、GC含量、杂合度和重复序列评估.结果显示:基于流式细胞术,荆芥基因组平均大小为0.76Gb;采用K-mer分析显示,荆芥基因组大小为0.903 Gb,GC含量为38.77%,杂合率约为0.32%,重复序列约为66.93%;荆芥基因组拼接组装后contig总长为792 215 707 bp,contig N50为960 bp,scaffold总长为813 473 842 bp,scaffold N50为1 650 bp.本研究结合流式细胞术和全基因组调查结果,分析评估荆芥基因组大小在0.7~0.9Gb之间,基因组序列重复比例较高.本研究对荆芥基因组进行了初步的探索,为荆芥的基因组学研究提供了参考依据.

分类号： S567.21+9%Q943.2

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