粗山羊草(Ae.tauschii)幼苗和根全长cDNA文库构建及其EST注释与比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵光耀

作者： 赵光耀;孔秀英;贾继增

作者机构：

关键词： 粗山羊草;表达序列标签;全长cDNA文库;功能注释;生物信息学

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2007 年 40 卷 07 期

页码： 1331-1336

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】构建小麦D基因组供体粗山羊草根和叶的全长cDNA文库,探讨利用生物信息学方法分析发掘组织特异性表达基因的可行性。【方法】本研究利用Cap-trapper方法构建全长cDNA文库,利用高通量测序技术获得大批高质量EST序列,在基于Linux系统的本地化生物信息学分析平台上对上述EST进行了电子注释分析。【结果】成功构建了粗山羊草根和叶的全长cDNA文库,测序获得根EST序列6973条和叶EST6616条。利用本地化数据分析平台对其进行功能注释。利用GO-Diff软件,发现了两个文库间表达基因的功能差异,找到组织间表达差异显著的基因和组织内特异性表达的基因。【结论】利用构建的全长cDNA测序获得大量EST序列,通过生物信息学方法挖掘差异表达或特异性表达基因的方法是可行的。

分类号： S512.1

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