利用二代测序技术对柔嫩艾美耳球虫T-DNA整合位点的分析及鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郝振凯

作者： 郝振凯;汤新明;张媛媛;谢福杰;陈君敏;索静霞;索勋;刘贤勇

作者机构：

关键词： T-DNA整合位点;柔嫩艾美耳球虫;二代测序技术;转基因

期刊名称： 中国农业大学学报

ISSN：

年卷期： 2023 年 008 期

页码： 183-190

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为建立一种适用于转基因球虫的快速且准确的分析T-DNA整合位点的方法，本研究利用二代测序技术对转基因柔嫩艾美耳球虫EtM2e虫株进行基因组重测序分析，基于嵌合体reads比对分析T-DNA的插入位点，通过T-DNA特有序列以及外源基因与球虫同源序列的测序深度进而分析T-DNA拷贝数，最后利用PCR扩增验证分析位点。结果表明：1)二代测序下机数据过滤后获得数据7.2 Gb, Q20为96.1%,Q30为89.2%,能够比对至柔嫩艾美耳球虫参考基因组的reads数为23 992 361×2,平均测序深度为80×,reads全基因覆盖结果表明整个染色体被覆盖的较为均匀，测序的随机性比较好，可以进行后续分析；2)比对至T-DNA序列的reads数为3 106和3 036,平均测序深度为140×,嵌合体reads序列信息表明T-DNA只存在一个插入位点，位于HG994969.1:2 704 213～2 705 255;3)T载体骨架特有序列卡那抗性基因的平均测序深度为67×,T-DNA特有序列EYFP基因的平均测序深度为85×,而T-DNA与球虫同源序列His4基因的5′调控区序列的平均测序深度为154×,Actin基因的3′调控区序列的平均测序深度为164×,同源序列的平均测序约为特有序列平均测序深度的2倍，这表明T-DNA为单拷贝，与发现一个插入位点的结果相符合；4)经PCR验证分析成功鉴定了该整合位点。转基因艾美耳球虫EtM2e虫株T-DNA整合位点的鉴定为后续转基因球虫鉴定提供了技术平台，也为球虫活载体疫苗的研发提供了一个潜在的靶位点。

分类号： S852.723

  • 相关文献

[1]二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用. 高阳,薛大伟,钱前,高振宇. 2015

[2]二代测序技术和叶绿体基因组在菊花系统学分类和遗传资源研究中的应用综述. 夏涵涵,雷雪柔,黄臻齐,陈雪燕,杜一鸣,周厚高. 2021

[3]驼绒藜和苜蓿对苏尼特羊增重及瘤胃细菌区系的影响. 杨鼎,祁云霞,王晓娟,伊风艳,吴江鸿. 2019

[4]常山提取物对人工感染鸡柔嫩艾美耳球虫病疗效的观察. 郭志廷,梁剑平,韦旭斌,尚若锋,郭文柱,王学红,郝宝成. 2013

[5]柔嫩艾美耳球虫穿孔素样蛋白基因的原核表达与亚细胞定位. 王文青,蒋保余,曲自刚,刘保红,肖星星,马雪婷,许笑,蔡建平. 2019

[6]鸡球虫体外HCT-8细胞培养模型的建立. 吴彩艳,胡俊菁,崔明巧,戚南山,吕敏娜,李娟,林栩慧,蔡海明,于林增,廖申权,孙铭飞. 2021

[7]柔嫩艾美耳球虫(E,Etenella)马杜拉霉素抗药株和敏感株孢子化卵囊的蛋白质差异分析. 姜连连,黄兵,韩红玉,赵其平,董辉,陈兆国. 2006

[8]柔嫩艾美耳球虫对藏鸡和隐性白羽鸡致病性差异分析. 李建梅,刘梅,沈欣悦,戴亚斌,俞燕. 2019

[9]柔嫩艾美耳球虫表面抗原SAG2基因的克隆与表达. 简永利,蔡建平,于三科,覃宗华,林青,叶秀华,陈闻,党海斌. 2006

[10]柔嫩艾美耳球虫胱硫醚β合成酶基因克隆及在真核细胞中的表达. 李聪,董辉,朱顺海,朱雪龙,王自文,赵其平,夏伟丽,门启斐,黄兵. 2016

[11]广东省鸡球虫的抗药性研究进展. 彭新宇,蔡建平,魏文康,张健騑,吴惠贤,谢明权. 2001

[12]柔嫩艾美耳球虫表面抗原基因sag10在Pichiapastoris中的表达及鉴定. 韩德强,丁宏标,乔宇,索勋,郝永清. 2006

[13]柔嫩艾美耳球虫与表型相关基因的研究. 董辉,赵其平,韩红玉,姜连连,郭涛,程军,李婷,孔春林,黄兵. 2011

[14]假蒟提取物对感染柔嫩艾美耳球虫鸡盲肠结构的影响. 周璐丽,周汉林,王定发. 2017

[15]3株柔嫩艾美耳球虫野外分离株的药物敏感性试验研究. 陈玉婷,彭新宇,袁明贵,孙俊颖,何立美,尹烨华,魏光伟. 2013

[16]rChIFN-γ对E.tenella卵囊免疫雏鸡肠道分泌型IgA~+细胞数量的影响. 叶秀华,蔡建平,吴志光,易亚斯,佘瑞平,汪明. 2008

[17]柔嫩艾美耳球虫A08基因的阶段表达分析与毕赤酵母表达系统构建. 平宪卿,韩红玉,黄兵,姜连连,董辉,赵其平,李洋,郭涛,朱顺海. 2011

[18]碳离子束辐照处理对牛至精油微胶囊的缓释特性及抗鸡球虫病活性的影响. 陶蕾,梁妍,周翔,姜婷婷,李雪虎,衣云鹏,辛志君,陆锡宏,赵凤舞,崔燕,梁剑平. 2018

[19]柔嫩艾美耳球虫A08基因的阶段表达分析与毕赤酵母表达系统构建. 平宪卿,韩红玉,黄兵,姜连连,董辉,赵其平,李洋,郭涛,朱顺海. 2011

[20]柔嫩艾美耳球虫(广东株)子孢子折光体抗原p28基因的分析. 朱维,杨林,何建国,龙綮新,曲士芮,王珣章,江静波,谢明权,吴惠贤,谢宏料. 1996

作者其他论文 更多>>

微信小程序