海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 晁哲

作者： 晁哲;任钰为;孙瑞萍;魏立民;刘海隆;邢漫萍;黄丽丽;郑心力

作者机构：

关键词： 海南黑山羊;皮下脂肪;基因;信使RNA;长链非编码RNA

期刊名称： 畜牧与兽医

ISSN： 0529-5130

年卷期： 2023 年 003 期

页码： 1-7

收录情况： 北大核心

摘要： 为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊（努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交）皮下脂肪组织的遗传差异，本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析，运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达的mRNAs进行GO功能、KEGG通路富集分析，同时对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测分析。结果显示：海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪间存在330个差异表达的mRNAs,其中4个基因在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、1个基因在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达，在330个差异表达的mRNAs中，根据差异倍数大小，排名前10位的基因分别是PLXDC1、AOC1、SHROOM3、NTS、SPATS2、LOC102181165、BDKRB2、GSDMA、ETNK2、EPOR;存在138个差异表达的lncRNAs,其中9个在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、5个在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达。此外，本研究共获得143个差异表达lncRNAs顺式作用靶基因和135个差异表达lncRNAs反式作用靶基因。本研究为进一步研究山羊皮下脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。

分类号： S827

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