胡椒EST-SSR标记的开发和应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 伍宝朵

作者： 伍宝朵;郝朝运;范睿;杨建峰;邬华松

作者机构：

关键词： 胡椒;转录组;EST-SSR;遗传多样性分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2015 年 36 卷 02 期

页码： 237-243

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过分析NCBI数据库中胡椒转录组数据,共得到unigene 23 524条,其中618条unigene中检测到643个EST-SSR位点,SSR发生频率为2.63%,平均分布距离为12.86 kb。在643个EST-SSR中,二、三核苷酸重复是主要重复类型,分别占27.84%和69.36%,其中(AG/CT)n、(AAG/CTT)n出现频率最高,(NNN/NNN)5类型占EST-SSR位点的42.90%。利用PRIMER3.0设计358对引物,随机合成45对引物,并选用其中11对扩增较好的多态性引物,对43份胡椒种质的遗传多样性进行初步检测,构建聚类分析树状图。结果说明,胡椒EST-SSR标记的开发是可行的,并能够有效的用于胡椒遗传分析研究,具有较高的应用价值。

分类号： S573.9

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