剑麻茎腐病菌基因组SSR标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴伟怀

作者： 吴伟怀;贺春萍;严传帝;郑金龙;李锐;郑肖兰;刘巧莲;易克贤

作者机构：

关键词： 黑曲霉;剑麻;SSR标记

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2014 年 35 卷 04 期

页码： 147-152

收录情况： CSCD

摘要： 下载Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),并按含有2~10个碱基重复、碱基数在18 bp以上的SSR基元为标准进行SSR鉴定。结果从A.niger ATCC 1015全基因组中,共发现4 000个2~10碱基SSR,其中含9个碱基重复基元类型最多,共有1 433个,占所鉴定SSR总数的35.8%。其次为6个碱基重复基元类型,共有753个,占SSR总数的18.8%;接着为3个碱基重复类型,共有547个,占13.6%。从鉴定出来的SSR中,选择含有SSR的合适区段,从中设计了36对引物,对剑麻茎腐病菌17个菌株的基因组DNA进行了PCR检测,发现这些引物都能从剑麻茎腐病菌基因组DNA中有效扩增。由此表明,黑曲霉ATCC 1015菌株基因组SSR在剑麻茎腐病菌基因组中具有通用性。这为研究剑麻茎腐病菌群体遗传变异、多样性和进化,定位和克隆功能基因等提供了分子标记。

分类号： S432.4

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