鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 纪锋

作者： 纪锋;徐黎明;赵景壮;刘淼;卢彤岩;贺文斌;尹家胜

作者机构：

关键词： 鲤春病毒血症病毒;糖蛋白;空间结构;B细胞抗原表位

期刊名称： 大连海洋大学学报

ISSN： 2095-1388

年卷期： 2017 年 04 期

页码： 440-446

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数参数。结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、β-折叠、β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4~26、145~157、293~302、315~327、407~491氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域。本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础。

分类号： S943

  • 相关文献

[1]鲤春病毒血症病毒截短糖蛋白的原核表达及抗体制备. 林婧楠,赵景壮,徐黎明,刘淼,任广明,卢彤岩. 2019

[2]鲤春病毒血症病毒糖蛋白酵母表面展示系统的建立. 林婧楠,赵景壮,刘淼,任广明,卢彤岩,徐黎明. 2019

[3]鲤春病毒血症病毒糖蛋白基因的克隆及其在毕赤酵母中的初步表达. 付峰,刘荭,范万红,江育林,黄倢. 2007

[4]黑龙江地区鲤春病毒血症病毒的分离与基因型分析. 纪锋,赵景壮,刘淼,贺文斌,尹家胜,卢彤岩,任广明,徐黎明. 2017

[5]鲤春病毒血症病毒核蛋白的原核表达及初步鉴定. 李月红,付云红,王永志,苗富春,扈荣良,陈萍. 2012

[6]鲤春病毒血症病毒的研究进展. 林婧楠,赵景壮,卢彤岩,徐黎明. 2018

[7]一株鲤春病毒血症病毒SVCV-shlj4全基因组序列分析. 林婧楠,徐黎明,赵景壮,任广明,卢彤岩. 2020

[8]鲤春病毒血症病毒(SVCV)的研究进展. 付峰,刘荭,黄倢,蔡生力. 2006

[9]鲤春病毒血症病毒基质蛋白基因的原核表达及多克隆抗体的制备. 杨振慧,葛均青,刘荭,杨金先,郑晓聪,林天龙. 2011

[10]鲤春病毒血症病毒糖蛋白的截短表达及其免疫原性分析. 徐进,周勇,陈倩,曾令兵. 2016

[11]无菌斑马鱼感染鲤春病毒血症病毒模型的建立. 谢亚东,解明旭,李解,王安然,杨培龙,冉超,周志刚. 2019

[12]基于RAA-CRISPR/Cas13a的鲤春病毒血症病毒快速检测方法的建立. 张磊,王津津,廖立珊,薛霖朗,吴江,朱鹏,张子怡,辛卓润,朱裕敏,孙敬锋,姜敬哲,刘荭,孙洁. 2025

[13]鸡传染性法氏囊病病毒VP3蛋白的原核表达及其B细胞抗原表位鉴定. 赵坤,郑玉妹,赵德明,赵朴,赵恒章,常新耀,王选年. 2009

[14]口蹄疫病毒A/WH/09株结构蛋白P1基因的克隆及其B细胞抗原表位的预测. 娄慧,张中旺,陈启伟,张永光. 2011

[15]B细胞抗原表位预测方法的研究进展. 马凡舒,张蕾,王洋,孙彦刚,闫喜军. 2016

[16]牦牛多杀性巴氏杆菌外膜蛋白OmpH的扩增与生物信息学分析. 赵文娟,田亮,薄新文,马勋,康立超. 2012

[17]鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析. 黄云秀,李传峰,孟春春,陈宗艳,李露,宋凯杰,刘光清,韦天超. 2015

[18]弓形虫profilin蛋白基因的克隆表达及序列分析. 高琦,张念章,胡玲英,朱兴全,翁亚彪. 2015

[19]Ⅰ型与Ⅱ型IBDV前体多聚蛋白B细胞抗原表位的预测与比较. 肖治军,张改平,乔松林,赵东,李学伍,邓瑞广,杨艳艳,邢广旭,郅玉宝,杨继飞,柴书军. 2009

[20]新城疫病毒LaSota株F蛋白结构与部分功能区的预测. 张晓东,刘怀然,刘培欣,闫丽辉,刘胜旺,孔宪刚. 2007

作者其他论文 更多>>

微信小程序