不同刈割强度下羊草转录组研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵劲博

作者： 赵劲博;侯向阳;武自念;任卫波;胡宁宁;郭丰辉;马文静

作者机构：

关键词： 羊草;刈割强度;转录组;功能富集;梯度聚类

期刊名称： 草业学报

ISSN： 1004-5759

年卷期： 2018 年 02 期

页码： 105-116

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 刈割是一种重要的草地管理措施,刈割留茬高度直接影响草地生产力及群落结构,在牧草生产中具有重要意义。为研究羊草在不同刈割强度下的转录响应,利用Illumina HiSeq-PE150高通量测序技术,对不同刈割留茬高度(0,2,4,8,12cm)处理下羊草再生叶片进行了转录组测序。共得到139767803条读长(reads),41.94Gb原始数据。经过过滤、质控与从头组装后,总共得到转录本270207条,总长度为191.6 Mb。通过与多种数据库比对得到48097条单基因簇(Unigene)注释结果。筛选出了所有刈割强度处理与不刈割对照组显著差异基因共2579条,经过生物信息分析,将其定位到碳水化合物代谢、损伤应答、过氧化氢分解、植物激素信号转导等功能与代谢通路。利用聚类方法得到了随着刈割强度增强,表达量规律变化的基因,分别富集到了过氧化物酶体、光合作用等代谢途径。对羊草在不同刈割高度下的转录组进行了研究,为草本植物分子生物学研究提供了宝贵的数据资源,对于解析羊草响应刈割的分子调控机制及相关基因挖掘具有重要指导意义。

分类号： S543.9

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