猪circRNAs的系统鉴定及特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李巧伟

作者： 李巧伟;杨亚岚;易国强;陈慕雅;王斌虎;范新浩;唐中林

作者机构：

关键词： 猪;环状RNA;鉴定;分子特征;骨骼肌

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN：

年卷期： 2020 年 012 期

页码：

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在系统鉴定猪基因组中的环状RNAs(circular RNAs, circRNAs),并对其分子特征进行分析.本研究采集长白、通城和五指山猪16个发育阶段(妊娠33、40、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100和105 d的胚胎以及出生后0和10 d)9种不同组织(背最长肌、心、脾、肺、肝、肾、胃、小肠和腿肌)样品,提取RNA再进行等量混合,构建链特异性转录组文库后,利用Illumina Genome Analyzer II平台进行测序,共获得1.18亿条总reads.采用CIRI2软件鉴定circRNAs,再利用生物信息学工具对鉴定的circRNAs进行分子特征分析.结果,共鉴定了8 486条circRNAs,其主要分布在1、6和13号染色体,91%的circRNAs为外显子型,平均长度为350 nt,平均GC含量为47.11%,每条染色体上的circRNAs数目与mRNAs数目显著正相关(R=0.84,P=1.285*10-5).最后,筛选出3条与骨骼肌生长发育相关的circRNAs(sus-MYH20025、sus-CDK130002和sus-FANCL0003).分析结果表明,sus-MYH20025具有高度的组织特异性,sus-CDK130002在猪、人和小鼠中高度保守,sus-FANCL0003在猪和大鼠中高度保守.本研究利用转录组数据在猪基因组中对circRNAs进行系统鉴定和分子特征分析,为circRNA的功能和机制研究提供了丰富的信息,并为猪分子育种提供新的潜在候选基因.

分类号： S828.2

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