猪CA5B基因的序列特征和表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭晋

作者： 郭晋;范新浩;杨亚岚;梁国明;唐中林

作者机构：

关键词： 猪;CA5B;时空表达;序列特征;miRNA;RNA编辑

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 002 期

页码： 322-330

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过分析猪CA5B（线粒体碳酸酐酶VB,carbonic anhydrase 5b, mitochondria;CA5B/CAVB/Car5b）基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响。本研究采集6头240日龄贵州猪（公、母各3头）的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点（出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105 d和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d）（每个品种3头）的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点。结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类。CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段;靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控（P<0.05）;此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点。结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用。

分类号： S828

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