黄条鰤线粒体全基因组测序及结构特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 史宝

作者： 史宝;柳学周;刘永山;张言祥;高全义;徐永江;王滨;姜燕;宋雪松

作者机构：

关键词： 黄条鰤;线粒体基因组;序列分析;系统进化

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2019 年 003 期

页码：

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata)线粒体基因组全序列.其序列全长为16609 bp,碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H链上编码.黄条鰤线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.05%和51.085%,具有明显的AT偏好性.线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于NAD1基因序列正义链的中游和COX2基因序列反义链的上游.在其22个tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三叶草二级结构.黄条鰤线粒体基因组的蛋白编码基因起止位点与密码子除COX1、NAD5外,均与日本海域出产的黄条鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黄条鰤;两者间存在一定的遗传差异.基于18种隶属于13属的鲹科鱼类线粒体基因组全序列构建系统发生树,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黄条鰤、五条鰤(Seriola quinqueradiata)、高体鰤(Seriola dumerili)、长鳍鰤(Seriola rivoliana)同属一近支,且黄条鰤与五条鰤亲缘关系最近,与小甘鲹进化距离较远.

分类号： S917.4

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