亚洲棉EST-SNP的挖掘及其在陆地棉中的验证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐鹏

作者： 徐鹏;蔡继鸿;郭琪;张香桂;徐珍珍;沈新莲

作者机构：

关键词： 亚洲棉;单核苷酸多态性;酶切扩增多态性序列;表达序列标签

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2017 年 29 卷 05 期

页码： 401-414

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点。通过筛选次要等位基因频率大于30%的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性。【结论】本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种。

分类号： S562

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