奶牛瘤胃微生物BAC文库中ACCase基因的筛选与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵圣国

作者： 赵圣国;王加启;卜登攀;刘开朗;朱雅新;周凌云

作者机构：

关键词： 瘤胃微生物;BAC文库;乙酰CoA羧化酶;基因注释;生物信息学

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2011 年 44 卷 05 期

页码： 1015-1021

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物BAC文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统发育分析。【结果】筛选得到了含ACCase基因的克隆(U12),其插入片段序列(URE12)全长43 358 bp,GC含量为43.75%,经GeneMark程序预测含有38个基因,经Signature程序预测属于变形菌门。ACCase基因(Acc-32)编码159个氨基酸,与Elusimicrobium minutum的ACCase基因具有41%的相似度,编码蛋白分子量为17.89 kD,等电点为5.27,在距离Acc-32上游的33 kb区域,发现一段能编码ACCase连接酶的基因。Acc-32的结合位点氨基酸残基为GQVICVIEAMKVFNELKA,系统发育分析表明Acc-32属于ε-变形菌纲。【结论】得到了含有ACCase基因的序列片段,并且ACCase基因具有新的结构特征。

分类号： S852.6

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