水牛TRAIL基因克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐媛媛

作者： 徐媛媛;莫霞;黄晨茜;冯超;陆杏蓉;马小娅;杨春艳;郑海英;尚江华

作者机构：

关键词： 水牛;TRAIL基因;克隆;生物信息学分析

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2022 年 010 期

页码： 3693-3703

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】对水牛肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor, TNF）相关凋亡诱导配体（TNF-related apotosis-inducing ligand, TRAIL）基因CDS序列进行克隆及序列分析，并对其编码的蛋白进行生物信息学分析，为后期TRAIL蛋白调控水牛卵巢卵泡发育、颗粒细胞增殖及凋亡的研究奠定基础。【方法】利用RT-PCR方法克隆水牛TRAIL基因CDS序列，对所获序列进行核苷酸序列、氨基酸序列相似性比对，构建系统进化树，并通过生物信息学软件分析TRAIL基因编码蛋白的结构和功能。【结果】试验成功克隆水牛TRAIL基因CDS序列，长864 bp,编码287个氨基酸；水牛TRAIL基因与牦牛、普通牛、山羊、绵羊、野猪、马、人、黑猩猩和家鼠的核苷酸序列相似性分别为99.2%、99.3%、95.9%、96.3%、84.7%、84.8%、81.3%、81.3%和70.0%。系统进化树结果表明，水牛与牦牛、普通牛的亲缘关系最近，与家鼠亲缘关系最远。氨基酸序列比对结果表明，在不同物种间，其跨膜结构域和TNF结构域序列保守性较高。TRAIL蛋白属于亲水性蛋白，存在1个跨膜结构域，140―285位氨基酸处为TNF区，具有29个磷酸化位点，无信号肽和糖基化位点，主要定位于细胞质中。TRAIL蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主，约占51.57%,其次为延伸链（24.39%）和α-螺旋（24.04%）。TRAIL蛋白三级结构与二级结构一致，且与模型蛋白人TRAIL蛋白的相似性为75.53%。【结论】本试验克隆得到水牛TRAIL基因CDS区序列，大小为864 bp,编码287个氨基酸，水牛与牦牛、普通牛亲缘关系最近，TRAIL蛋白跨膜结构域和TNF结构域在不同物种间序列保守性较高，这可能与其功能有关。

分类号： S823.83

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