基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王婷

作者： 王婷;黄智慧;马爱军;马得友;王新安;夏丹丹;马本贺

作者机构：

关键词： 大菱鲆;单核苷酸多态性(SNP);转录组;高分辨率溶解曲线(HRM)

期刊名称： 海洋与湖沼

ISSN： 0029-814X

年卷期： 2014 年 45 卷 06 期

页码： 1300-1307

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。

分类号： S917.4

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