新城疫病毒P/V/W基因编码产物功能结构域的分析及定位

文献类型： 中文期刊

第一作者： 仇旭升

作者： 仇旭升;孟春春;于洋;陈鸿军;于圣青

作者机构：

关键词： 新城疫病毒;P蛋白;V蛋白;生物信息学;功能结构域

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2011 年 0 卷 01 期

页码： 191-196+207

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码3种病毒蛋白P、V和W。为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置,对这3种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行生物信息学分析。分别设计针对基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class Ⅰ NDV毒株P基因的引物。RT-PCR获得5种基因型NDV P基因的正确序列。通过核苷酸序列预测P基因表达产物的氨基酸序列,并进行二级结构预测和三级结构模拟。将SV5 V蛋白空间结构作为模板,从而分析获得了NDVP/V/W基因编码产物的二级结构以及部分空间结构。综合各种分析数据,预测P蛋白辅助N蛋白折叠的结构域位于N端前50 aa内;介导P蛋白四聚体形成的coiled-coil结构位于221-290 aa范围内;介导P蛋白与基因组的作用的X结构域位于291-392 aa范围内。V蛋白的C端结构域的编码区域位于P蛋白132-239 aa编码区域内。

分类号： S852.65

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