水生植物芡实的转录组SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 薛博文

作者： 薛博文;孙芳芳;周荣华;徐君;尹渝来

作者机构：

关键词： 芡实;转录组;SSR;位点信息

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2021 年 013 期

页码： 4437-4442

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了研究水生植物芡实的遗传多样性,本研究利用转录组测序技术开发芡实EST-SSR标记,转录组测序共获取86 829条Unigene,运用MISA软件发掘芡实转录组数据中的SSR位点,并获取了9 640个,其出现频率为11.10%,平均分布距离为7.65 kb。二核苷酸和三核苷酸重复为芡实转录组中的主要重复类型,分别占SSR总数的61.88%和21.55%。出现重复序列的基序共有226种,优势重复基元为A/T、AG/CT和AAG/CTT,出现频率分别为11.25%、50.87%和6.51%。SSR基序长度主要集中在12～20 bp,长度超过20 bp的共有717个,占7.44%。设计并筛选出了11对SSR引物。通过对芡实转录组序列SSR信息的分析,发现芡实SSR位点出现频率高、重复类型多,可为进一步开发芡实SSR标记、遗传多样性提供有效的理论依据。

分类号： S682.32

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