保罗蓝睡莲花器官转录组SSR的分布及其序列特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 毛立彦

作者： 毛立彦;黄秋伟;於艳萍;丁丽琼;蔡元保;黄歆怡;覃茜;苏群;农晓慧;朱天龙;龙凌云

作者机构：

关键词： 热带睡莲;转录组;SSR;序列特征

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2024 年 39 卷 007 期

页码： 775-784

收录情况： CSCD

摘要： 【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息，开发新的与表型相关的SSR标记，为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位（雌蕊、雄蕊、花瓣）的转录组数据为背景材料，用MISA软件检索序列的SSR位点，采用Excel对位点特征进行分析作图，Primer 3.0软件设计引物，TP-M13-SSR PCR筛选引物。【结果】在花器官转录组的39 079条Unigenes中共检测到12 365个SSR位点，位点发生频率为31.64%，平均每5.79 kb出现1个SSR位点。SSR位点的重复类型主要为二核苷酸重复碱基，占SSR位点总数的71.85%，优势重复类型为AG/CT，占碱基总数的61.34%；其次为三核苷酸重复碱基，为26.10%，优势重复类型是AAG/CTT，占比8.30%。SSR碱基重复次数在5～20次，序列长度为12～30 bp，平均长度18.38 bp。引物设计获得9 212对引物，从中随机挑选100对进行PCR扩增验证，筛选出9对多态性好的引物，可将12份睡莲种质在遗传相似系数为0.735时聚为3支。【结论】热带睡莲保罗蓝花器官转录组中的SSR位点分布频率高、类型丰富，多态性较高，具较大的应用潜力。开发的9对SSR引物可将12份种质有效分开，进一步丰富了睡莲现有SSR标记，可为睡莲属植物的遗传多样性分析和分子辅助育种提供科学参考。

分类号： S682.32

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