脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄秋岚

作者： 黄秋岚;田程飘;刘功德;毛立彦;邓小红;龙凌云

作者机构： 广西壮族自治区亚热带作物研究所

关键词： 脆蜜金柑;转录组;简单重复序列(SSR);序列特征;重复基元

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2025 年 56 卷 002 期

页码： 583-591

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列（SSR）的分布情况及序列特征，为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料，通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序，高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后，使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索，并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp；经MISA搜索，鉴定出22447个SSR位点，分布在11119条Unigenes上，SSR发生频率为34.47%，平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中，以单核苷酸重复类型数量最多（14002个），占62.38%；其次是二核苷酸重复类型（3949个）和三核苷酸重复类型（3980个），分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类，且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势（合计占73.99%）;A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元，占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元，占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元，占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布，以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多（10395个，占46.31%），其次是出现频次为10次的SSR重复基元（4997个，占22.26%）。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63bp，以基序长度在12～20bp的SSR位点数量最多（12692个，占56.54%），呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物，共有17118个SSR位点可设计出引物，成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大，基元类型丰富，呈中度以上多态性，可用于开发SSR分子标记，为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。

分类号： S666.1

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