水稻二化螟和三化螟基因组ddRADseq文库的构建

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨琼

作者： 杨琼;孙娜;郑敏;罗除成;罗光华;方继朝

作者机构：

关键词： 基因组DNA文库;ddRADseq;生物分析仪;水稻螟虫

期刊名称： 环境昆虫学报

ISSN： 1674-0858

年卷期： 2016 年 38 卷 06 期

页码： 1114-1120

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本文介绍了构建水稻二化螟和三化螟"双酶切限制性酶切位点关联DNA测序"(Double digest restrictionsite associated DNA sequencing,ddRADseq)文库的方法。利用安捷伦2100生物分析仪对4种单酶切及2种双酶切的酶切产物片段大小及分布范围进行分析,筛选出Mlu C I和Nla III两种限制性内切酶组合对螟虫基因组DNA进行酶切。酶切后的DNA片段两端连接上特定的P1、P2接头后,用Pippin Prep回收大小为285-435 bp的DNA片段。通过PCR扩增进行文库的富集并引入index序列。构建好的ddRADseq文库用琼脂糖凝胶电泳和生物分析仪进行质量检测。本方法所构建的文库DNA片段长度、分布和摩尔浓度能够达到Illumina平台测序的技术要求。本研究证实了利用Mlu C I和Nla III组合酶切构建水稻螟虫基因组ddRADseq文库的可行性,为在水稻螟虫中利用ddRADseq技术开展生物地理学、种群遗传学和系统发育重建等方面的研究奠定基础。

分类号： S435.112.1

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