AutoSSR:大批量、高效开发和分析SSR基元的软件(英文)

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王长彪

作者： 王长彪;郭旺珍;张天真;李燕娥;刘惠民

作者机构：

关键词： 简单序列重复;表达序列标签;发掘;软件

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2009 年 21 卷 03 期

页码： 85-89

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星,SSRs),开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR,并分析不同SSRs类型的分布状况。与已开发的类似软件相比,该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制,高效、快速完成SSR信息的搜索和分析。利用该软件对GenBank上释放的来源于棉花、苹果和水稻的DNA序列进行了SSR发掘,得到了36000个SSRs。其中,对来源于棉花的SSRs信息,进一步利用Primer 3软件开发了位点特异性引物,为棉花基因组分析奠定了基础。

分类号： TP311.52

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