侵染中国河北大豆的大豆花叶病毒的鉴定和全基因组序列分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 杨菲
作者: 杨菲;张明振;周雪平;李方方
作者机构: 中国农业科学院植物保护研究所
关键词: 大豆花叶病毒;小RNA深度测序;基因组序列
期刊名称: 植物保护
ISSN: 0529-1542
年卷期: 2024 年 004 期
页码: 39-47
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 本研究利用小RNA深度测序技术在河北卢龙大豆叶片上检测到6株大豆花叶病毒(soybean mosaic virus, SMV),命名为SMV-Gm1~SMV-Gm6。根据小RNA深度测序结果和参考基因组序列设计引物克隆了SMV河北分离物的基因组序列。测序结果经拼接后获得了6个SMV基因组全长序列,大小分别为9 588 nt(SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5)和9 584 nt(SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6)。开放阅读框位于基因组第132位至第9 332位核苷酸,编码一个多聚蛋白(分子量约为350 kD)。BLAST比对和系统发育分析发现,SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5与江苏SMV分离物(登录号:MH919386)的基因组核苷酸序列相似性最高,为98.06%~98.07%,且遗传距离较近,并与江苏、浙江和山西SMV分离物聚为一小簇;SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6与韩国SMV分离物(登录号:FJ640954)的基因组核苷酸序列相似性最高,为98.48%~98.51%,且遗传距离较近。
分类号: S435.651
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