苦荞种皮转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贺润丽

作者： 贺润丽;尹桂芳;李春花;王莉花;马颖榆;王梦莹;阎仕豪

作者机构：

关键词： 苦荞;转录组;测序;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 018 期

页码： 6085-6092

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发苦荞新的SSR标记,本研究利用MISA软件对苦荞种皮转录组测序数据进行SSR位点信息搜索,利用Primer 3设计引物并随机选择53对引物进行验证.结果表明:苦荞种皮转录组数据库中共搜索到9 094个SSR位点,其中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复类型占优势,占总SSR的63.99%、19.35%、15.49%;共发现70种重复基元,其中A/T、AT/AT、AAG/CTT基元是优势基元.设计合成的53对引物中,41对引物(77.36%)获得有效扩增,21对引物具有多态性.本研究从转录组序列中大规模开发的SSR分子标记将有助于苦荞遗传多样性与分子育种研究.

分类号： S517

  • 相关文献

[1]青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析. 林珲,薛珠政,李永平,李大忠,刘建汀,朱海生,温庆放. 2018

[2]8个番石榴品种的转录组测序. 张丽梅,陈钟佃,张朝坤,魏秀清,许家辉. 2021

[3]杨桃果实转录组测序初步分析. 林旗华,钟秋珍,张泽煌. 2017

[4]紫背天葵高通量转录组测序分析. 张少平,洪建基,邱珊莲,郑云云,张帅,吴松海,何炎森,郑开斌,郑加协. 2016

[5]转录组技术在果树研究中的应用. 薛辉,曹尚银,李好先,牛娟,张富红,赵弟广. 2015

[6]松萝凤梨转录组测序分析. 金亮,田丹青,詹书侠,安霞,葛亚英,王炜勇. 2019

[7]苦荞b HLH93转录因子响应铝胁迫的功能研究. 刘桐,王志荣,李伟,刘洋,王祥儒,赖弟利,何毓琦,张凯旋,赵振军,周美亮. 2024

[8]绿豆SSR标记的开发及遗传多样性分析. 叶卫军,陈圣男,杨勇,张丽亚,田东丰,张磊,周斌. 2019

[9]104份苦荞种质的遗传多样性分析. 杨学文,丁素荣,胡陶,刘迎春,张晓荣,生国利. 2013

[10]苦荞全基因组SSR位点特征分析与分子标记开发. 马名川,刘龙龙,刘璋,周建萍,南成虎,张丽君. 2021

[11]中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用. 高帆,张宗文,吴斌. 2012

[12]基于RNA-seq数据的小麦条锈菌SSR标记开发. 刘秀峰,许静杨,袁文娅,梁丹,时晓伟. 2018

[13]龙眼顶芽转录组简单重复序列(SSR)标记信息分析及分子标记开发. 郭栋梁,王静,韩冬梅,潘学文,李建光. 2018

[14]美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析. 陈诚,刘晓飞,李强,王剑,伏荣桃,张鸿,卢代华. 2018

[15]利用芥菜转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析. 李永平,张双照,薛珠政,温庆放. 2020

[16]基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析. 孟玮,蒋艳琳,张林,杨天燕,周剑光. 2019

[17]红白果肉颜色火龙果果肉转录组分析和基因功能注释. 吴亚维,徐娟,韩秀梅,张兴无,洪怡,文晓鹏. 2019

[18]基于转录组数据高通量发掘灰茶尺蠖微卫星标记. 王定锋,李良德,李慧玲,李金玉,吴光远. 2021

[19]巴哈雀稗幼苗叶片转录组分析. 张宇君,尚以顺,王普昶,赵丽丽,熊先勤,张文,丁磊磊,柳嘉佳. 2019

[20]桃(Prunus persica [L.] Batsch)转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 何平,李林光,王海波,李慧峰,常源升. 2016

作者其他论文 更多>>

微信小程序