华西牛胴体性状GWAS分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 高翰

作者： 高翰;葛菲;王泽昭;李宏伟;安炳星;李海鹏;徐凌洋;朱波;蔡文涛;张路培;高雪;高会江;陈燕;李俊雅

作者机构：

关键词： 华西牛;胴体性状;单性状GWAS;多性状GWAS

期刊名称： 中国畜牧杂志

ISSN：

年卷期： 2022 年 011 期

页码： 92-99

收录情况： 北大核心

摘要： 胴体性状是肉牛生产实践中最重要的经济性状之一。本研究以840头华西牛成年公牛为研究对象，屠宰后分别测量胴体重（CW）、胴体长（CL）、胴体胸深（CD）3个性状的表型值，基于Illumina BovineHD芯片基因分型结果，利用单变量混合线性模型（LMM）和多变量混合线性模型（mvLMM）2种方法进行全基因组关联分析（GWAS），采取Bonferroni方法确定显著性阈值，挖掘影响华西牛胴体性状的显著位点和重要候选基因。结果显示，单性状GWAS分析中仅在CD性状中检测到6个SNPs位点达到染色体显著水平(P＜1.65×10-6)，注释到5个基因（PDE1C、PPARGC1B、MTX3、RCAN2、DOK6），而在CW与CL 2个性状中没有检测到显著的SNPs位点；多性状GWAS分析结果显示，在CW-CL、CW-CD、CL-CD、CWCL-CD4个组合中分别检测到1、5、2、3个显著关联的SNPs位点，共注释到了4个基因（STXBP5L、PDE1C、PPARGC1B、RCAN2）。通过对华西牛胴体性状进行GWAS分析，综合利用LMM和mvLMM2种分析方法以提高位点检测效力和准确性，最终共找到9个显著关联的SNPs位点及STXBP5L、PDE1C、PPARGC1B、MTX3、RCAN2、DOK66个基因，其中PPARGC1B、RCAN22个基因被不同方法检测到的多个SNPs位点同时注释到，参与体重调节、脂肪细胞增殖和分化等生物过程，以上结果为华西牛胴体性状的改良提供了有效的分子标记。

分类号： S823

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