利用3VmrMLM方法检测陆地棉株高QTN及QTN-环境互作(QEI)

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵海红

作者： 赵海红;李梦媛;刘锦婧;王园园;杜磊;王娟;董承光;李成奇

作者机构：

关键词： 3VmrMLM;陆地棉;株高;QTN;QTN-环境互作(QEI);效应

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2025 年 51 卷 010 期

页码： 2619-2631

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 株高是棉花重要的株型性状,与棉花产量和机械化采收密切相关。本研究以340份陆地棉品种(系)为材料,利用CottonSNP80K芯片和3VmrMLM方法对6个环境(5个单环境和1个多环境)的株高进行了全基因组关联分析,鉴定QTN及QTN-环境互作(QEI)。基因分型获得47,959个多态性SNP标记,这些标记将所有材料分为2个亚群。表型分析结果显示,株高在各环境呈广泛连续变异,基因型方差、环境方差及基因型-环境互作方差均达极显著水平。6个环境共检测到111个与株高相关的QTN,其中TM66913(D08)和TM79201(D12) 2个稳定的QTN至少在3个环境中同时被检测到; 5个QTN与前人报道的QTL/标记位点重叠。对2个稳定的QTN附近基因的功能富集分析发现, 3个基因GH＿D08G0118、GH＿D08G0131和GH＿D12G1786同时显著富集在GO和KEGG中,其中GH＿D08G0118在陆地棉TM-1的茎中有较高表达。本研究检测到8个QEI,其中3个QEI为显著互作。对显著位点附近基因的功能富集分析发现,涉及15个基因的GO条目和涉及2个基因的KEGG通路被显著富集, GH＿D08G1507在TM-1的茎中有较高表达。利用3VmrMLM方法检测到许多小效应位点,部分解决了复杂性状“遗传率丢失”问题。本研究检测到的QTN和QEI及其效应,为深入解析陆地棉株高的遗传基础提供了新视角,也为通过分子设计培育适宜株高的棉花品种提供了重要信息。

分类号： S562

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