基于简化基因组测序的红罗非鱼低温体色变异全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐鸿飞

作者： 徐鸿飞;陈诏;黄彩林;袁宗伟;赵何勇;李华;杨宾兰;周大颜;苏换换;朱华平

作者机构：

关键词： 红罗非鱼;体色变异;简化基因组测序（RAD-Seq）;全基因组关联分析;单核苷酸多态性

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2021 年 003 期

页码： 667-672

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】开展红罗非鱼（Oreochromis spp.）低温体色变异全基因组关联分析（GWAS）,为红罗非鱼低温变色的分子调控机制研究提供基础资料。【方法】通过Illumina HiSeqTM 4000测序平台,基于简化基因组测序（RAD-Seq）对低温处理后体色发生变异和不发生变异的红罗非鱼进行基因组测序,应用一般线性模型（GLM）和混合线性模型（MLM）算法进行GWAS分析,并利用BLAST程序对每个SNP位点在罗非鱼基因组中的位置进行在线定位,确定其周围的功能基因。【结果】应用RAD-Seq和GWAS技术,共筛选获得24个与红罗非鱼低温处理后体色发生变异显著相关的SNPs位点（P<5.15E-08）,在基于24个SNPs位点附近共找到19个已知的功能基因,且这些基因主要与细胞转录、代谢和免疫等功能相关。【结论】基于RAD-Seq和GWAS分析共筛选出24个与红罗非鱼低温体色变异性状显著相关的SNP位点,并注释到19个功能已知且均与信号转导、生物合成及免疫相关的基因,可作为后续开展红罗非鱼体色相关分子辅助育种研究的参考依据。

分类号： S917.4

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