灵芝基因组SSR位点分布与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐凯

作者： 徐凯;张劲松;唐传红;杨焱;唐庆九;唐川;王天娇;赵明文

作者机构：

关键词： 灵芝;SSR;分布;位点分析

期刊名称： 上海农业学报

ISSN： 1000-3924

年卷期： 2014 年 30 卷 05 期

页码： 32-37

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过对灵芝基因组SSR位点的统计分析,为担子菌基因组的特征描述、遗传分析及分子标记的筛选提供基础信息。基于数据库中灵芝基因组数据,通过SSR Hunter 1.3软件并结合人工查找的方式分析其SSR数量、组成和位点分布等情况。结果表明:灵芝基因组序列总长度为4.19×107bp,13条染色体共存在3 502个SSR位点,SSR碱基总长度为6.92×104bp,占基因组总数的0.17%,平均每隔11.96 kb存在1个SSR位点,三碱基和六碱基SSR所占比例最大,占基因组内SSR位点总数的74.62%,出现较多的基序为(G)n、(C)n、(GA)n、(CT)n、(GAC)n、(TCG)n、(TAATC)n和(GATGAG)n;三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸SSR在染色体水平上分布较均匀,而单核苷酸、二核苷酸和四核苷酸SSR分布差异较大。灵芝基因组内SSR分布呈现一定的规律性,基于基因组数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记的开发提供信息,并有助于灵芝高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能的研究等。

分类号： S567.31

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